Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC25.14■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
LIMA1Q9UHB6 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC25.14■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC25.14■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms