Protein–RNA interactions for Protein: Q96PE6

ZIM3, Zinc finger imprinted 3, humanhuman

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZIM3Q96PE6 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
ZIM3Q96PE6 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC23.51■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC23.47■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
ZIM3Q96PE6 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
ZIM3Q96PE6 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
ZIM3Q96PE6 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
ZIM3Q96PE6 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
ZIM3Q96PE6 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
ZIM3Q96PE6 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms