Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC18.1■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
RPUSD4Q96CM3 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC18.07■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC18.07■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.2 ms