Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC27.69■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC27.69■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC27.68■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC27.67■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC27.66■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC27.65■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC27.64■■■□□ 2.02
VPS53Q5VIR6 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC27.63■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC27.63■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC27.63■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC27.62■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC27.61■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.7 ms