Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.07■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.07■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.06■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.06■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC35.06■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC35.06■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.06■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.06■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC35.06■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC35.06■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC35.06■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.05■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.04■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC35.04■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC35.04■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.04■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC35.04■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC35.03■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC35.02■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.02■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.02■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC35.02■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC35.01■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.2
TCOF1Q13428 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC35.01■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC35.01■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC34.99■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.99■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.98■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC34.98■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC34.98■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC34.98■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC34.98■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC34.98■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.98■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC34.98■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.98■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC34.97■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC34.97■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC34.97■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC34.97■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC34.96■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC34.96■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.96■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC34.96■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC34.96■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC34.96■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC34.95■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.95■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.95■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC34.95■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC34.95■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.19
TCOF1Q13428 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC34.95■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC34.95■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC34.94■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.94■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC34.94■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC34.94■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.94■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.94■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC34.93■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC34.93■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.93■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC34.93■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.93■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC34.93■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.93■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC34.93■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC34.91■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC34.91■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC34.91■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC34.91■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.91■■■■□ 3.18
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