Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL4A4P53420 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.2 ms