Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXA1P49639 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXA1P49639 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXA1P49639 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXA1P49639 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXA1P49639 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXA1P49639 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
HOXA1P49639 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.1 ms