Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
MSH2P43246 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
MSH2P43246 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
MSH2P43246 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
MSH2P43246 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
MSH2P43246 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.31
MSH2P43246 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.31
MSH2P43246 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSH2P43246 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSH2P43246 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSH2P43246 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSH2P43246 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH2P43246 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH2P43246 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH2P43246 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH2P43246 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH2P43246 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH2P43246 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH2P43246 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH2P43246 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH2P43246 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH2P43246 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH2P43246 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH2P43246 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH2P43246 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH2P43246 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH2P43246 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH2P43246 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH2P43246 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH2P43246 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH2P43246 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH2P43246 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH2P43246 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH2P43246 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH2P43246 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH2P43246 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH2P43246 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH2P43246 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH2P43246 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH2P43246 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH2P43246 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH2P43246 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH2P43246 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH2P43246 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH2P43246 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH2P43246 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH2P43246 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH2P43246 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH2P43246 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH2P43246 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH2P43246 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH2P43246 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH2P43246 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH2P43246 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH2P43246 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH2P43246 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH2P43246 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH2P43246 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH2P43246 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH2P43246 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH2P43246 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH2P43246 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH2P43246 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH2P43246 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH2P43246 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH2P43246 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
MSH2P43246 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
MSH2P43246 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
MSH2P43246 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
MSH2P43246 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
MSH2P43246 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
MSH2P43246 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
MSH2P43246 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
MSH2P43246 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
MSH2P43246 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
MSH2P43246 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
MSH2P43246 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
MSH2P43246 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
MSH2P43246 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
MSH2P43246 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
MSH2P43246 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
MSH2P43246 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
MSH2P43246 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
MSH2P43246 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
MSH2P43246 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
MSH2P43246 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
MSH2P43246 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
MSH2P43246 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
MSH2P43246 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
MSH2P43246 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
MSH2P43246 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
MSH2P43246 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
MSH2P43246 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
MSH2P43246 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
MSH2P43246 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
MSH2P43246 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
MSH2P43246 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
MSH2P43246 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
MSH2P43246 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
MSH2P43246 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.6 ms