Protein–RNA interactions for Protein: O75056

SDC3, Syndecan-3, humanhuman

Predictions only

Length 442 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC3O75056 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SDC3O75056 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SDC3O75056 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SDC3O75056 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SDC3O75056 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SDC3O75056 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SDC3O75056 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SDC3O75056 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
SDC3O75056 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SDC3O75056 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SDC3O75056 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SDC3O75056 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SDC3O75056 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SDC3O75056 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SDC3O75056 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
SDC3O75056 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SDC3O75056 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SDC3O75056 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
SDC3O75056 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SDC3O75056 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SDC3O75056 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SDC3O75056 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SDC3O75056 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
SDC3O75056 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
SDC3O75056 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SDC3O75056 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SDC3O75056 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SDC3O75056 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SDC3O75056 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SDC3O75056 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SDC3O75056 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SDC3O75056 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SDC3O75056 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SDC3O75056 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SDC3O75056 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SDC3O75056 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
SDC3O75056 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SDC3O75056 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SDC3O75056 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SDC3O75056 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SDC3O75056 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SDC3O75056 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SDC3O75056 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SDC3O75056 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SDC3O75056 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SDC3O75056 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SDC3O75056 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SDC3O75056 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SDC3O75056 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SDC3O75056 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SDC3O75056 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SDC3O75056 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SDC3O75056 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
SDC3O75056 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SDC3O75056 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SDC3O75056 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SDC3O75056 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SDC3O75056 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SDC3O75056 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SDC3O75056 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SDC3O75056 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SDC3O75056 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SDC3O75056 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SDC3O75056 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SDC3O75056 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SDC3O75056 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SDC3O75056 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SDC3O75056 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SDC3O75056 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SDC3O75056 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SDC3O75056 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SDC3O75056 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
SDC3O75056 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
SDC3O75056 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
SDC3O75056 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SDC3O75056 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SDC3O75056 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SDC3O75056 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SDC3O75056 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SDC3O75056 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SDC3O75056 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SDC3O75056 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SDC3O75056 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SDC3O75056 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SDC3O75056 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SDC3O75056 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SDC3O75056 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SDC3O75056 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SDC3O75056 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SDC3O75056 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
SDC3O75056 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
SDC3O75056 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
SDC3O75056 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SDC3O75056 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SDC3O75056 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SDC3O75056 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SDC3O75056 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SDC3O75056 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SDC3O75056 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SDC3O75056 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.7 ms