Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 MTF2-202ENST00000370303 1951 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 MYH11-211ENST00000576790 6272 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 CCDC28A-201ENST00000332797 1496 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 RIBC2-202ENST00000614167 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 GNS-201ENST00000258145 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 PNLDC1-202ENST00000392167 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 SLC35C2-203ENST00000372227 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 KIAA0391-202ENST00000321130 1589 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 HPCAL1-202ENST00000381765 1904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 HPSE-206ENST00000512196 1571 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 STAT1-203ENST00000392323 2723 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 TMCC2-201ENST00000329800 2818 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 TCP1-201ENST00000321394 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 ANO10-205ENST00000414522 2450 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 KCNJ11-204ENST00000528731 2146 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 FRMD8-201ENST00000317568 3723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 SGK2-204ENST00000373100 2225 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 DTD2-202ENST00000356180 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 ATP6V0E1-203ENST00000519374 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 C8orf31-201ENST00000395172 1875 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 RASGEF1A-204ENST00000395810 3235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 FKBP6-202ENST00000413573 1507 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 SGSH-203ENST00000570923 1546 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 CNOT3-201ENST00000221232 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 HDAC9-208ENST00000417496 2524 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 ZNF79-201ENST00000342483 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 NBEA-201ENST00000310336 10794 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 NBEA-208ENST00000629018 10791 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 CNN2-201ENST00000263097 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 CNN2-205ENST00000562958 2194 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 HDAC8-209ENST00000373589 1740 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 MUTYH-209ENST00000448481 1706 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 TMEM239-202ENST00000380585 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 PSMB8-203ENST00000395339 1025 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 AC241585.1-201ENST00000433527 519 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 FOLR3-201ENST00000442948 805 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 TMEM176B-205ENST00000450753 1006 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 AC009477.1-201ENST00000452936 217 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 IGFBP2-204ENST00000456764 846 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 RN7SL618P-201ENST00000477850 296 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 IGHV3-42-201ENST00000520410 361 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 TOMM40L-209ENST00000545897 2807 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 PLEKHG3-202ENST00000394691 4397 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 APBB3-201ENST00000354402 1810 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 ARHGEF7-214ENST00000478679 1833 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 FUS-201ENST00000254108 5119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 PCMTD2-204ENST00000369758 3212 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 SLC22A23-202ENST00000380302 2883 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 ACOT9-201ENST00000336430 1675 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 ZMYND15-201ENST00000269289 2448 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 BCL11A-201ENST00000335712 5942 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 ATP13A1-202ENST00000357324 3861 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 CATSPERE-201ENST00000366531 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 STUM-202ENST00000366789 4093 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 PTGES3-202ENST00000414274 1547 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 TMPO-202ENST00000266732 3615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 NFATC4-213ENST00000554591 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 RAB6C-201ENST00000410061 3075 ntAPPRIS P1 BASIC18.49■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 SDC1-202ENST00000381150 3291 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 PCNX2-201ENST00000258229 7518 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 EGLN1-201ENST00000366641 7097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 SLC4A7-213ENST00000454389 4159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 HDAC8-202ENST00000373556 704 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 AC093702.1-201ENST00000423433 367 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 CYMP-203ENST00000474680 1263 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 AC004890.2-204ENST00000481968 304 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 AVL9-201ENST00000318709 6982 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 PTGES3L-AARSD1-204ENST00000421990 2150 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 FGR-204ENST00000399173 2483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 IMPACT-201ENST00000284202 3792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 WSCD1-201ENST00000317744 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 UNKL-201ENST00000248104 4320 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 GNAS-213ENST00000371099 3709 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 STK40-204ENST00000373132 3621 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 GTF2IRD1-203ENST00000455841 3315 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 ALAS2-201ENST00000330807 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 AMHR2-202ENST00000379791 1437 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 RRN3P3-202ENST00000551766 3366 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 ZNF496-201ENST00000294753 5336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 LRRC41-208ENST00000617760 2158 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 DNAJC22-201ENST00000395069 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 LZTR1-201ENST00000215739 4572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 NMNAT3-202ENST00000339837 1863 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 GIT1-211ENST00000581348 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 COX6B2-201ENST00000326529 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 RPL15-201ENST00000307839 2730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 STIP1-203ENST00000358794 2743 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 RBM33-205ENST00000392759 1580 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 FAM90A1-203ENST00000538603 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 BEGAIN-212ENST00000637716 3259 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 NMRAL1-201ENST00000283429 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 C2orf40-201ENST00000238044 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 TMEM52-201ENST00000310991 929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 EEF1B2-202ENST00000392221 880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 TEX48-201ENST00000436752 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 ZMYND10-AS1-201ENST00000440013 250 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
BRPF3Q9ULD4 RPL13P2-201ENST00000440687 659 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.7 ms