Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 TEX30-202ENST00000376021 1038 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 TEX30-206ENST00000376032 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 NCBP2-203ENST00000422610 676 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 SNHG11-207ENST00000434729 1058 ntTSL 4 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AC092183.1-201ENST00000469884 875 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AC136601.1-201ENST00000521803 666 ntTSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 DKKL1-202ENST00000594268 524 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 CABLES2-201ENST00000279101 3785 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 SUSD5-201ENST00000309558 5008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 LINC01750-202ENST00000438293 3068 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AC105206.1-202ENST00000314927 2368 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 TRPM2-204ENST00000397932 5216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 MFAP3-201ENST00000322602 2891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 SC5D-202ENST00000392789 2258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 ACSM2A-209ENST00000573854 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 PBX3-201ENST00000342287 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 DTD2-201ENST00000310850 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 GDPD2-204ENST00000536730 2171 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 PLXNB1-204ENST00000456774 5859 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 CDKN1A-208ENST00000615513 2102 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 LAP3-211ENST00000618908 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 RNF44-201ENST00000274811 4155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF1-202ENST00000347545 3091 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 TEKT4-201ENST00000295201 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 RAB38-201ENST00000243662 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 KIAA1211L-201ENST00000397899 3907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 PLXNB3-209ENST00000538966 6377 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 CYP20A1-201ENST00000356079 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 REXO1L4P-201ENST00000605109 1937 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 GDAP1L1-206ENST00000537864 2855 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 CHID1-215ENST00000528581 1431 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 STK3-201ENST00000419617 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 RNASEH2C-201ENST00000308418 2794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 INPPL1-213ENST00000541756 4649 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 COL25A1-203ENST00000399132 2724 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 PAM-201ENST00000304400 3156 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 GNAO1-202ENST00000262494 5767 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 RARG-202ENST00000394426 2640 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 SYNRG-217ENST00000612223 8229 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 RBFADN-204ENST00000568911 5187 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 ELOF1-201ENST00000252445 1019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AL158071.2-201ENST00000423380 815 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 TPT1P11-201ENST00000458482 498 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 LINC01225-202ENST00000562339 2113 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 ICAM2-205ENST00000578379 1064 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 ICAM2-206ENST00000578892 1056 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 BORCS8-206ENST00000585679 801 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AL645728.2-202ENST00000641679 227 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 ATCAY-201ENST00000450849 5070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 EIF2B4-205ENST00000445933 1608 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 SERPINA4-203ENST00000557004 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 USP48-213ENST00000529637 3228 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 CORO7-201ENST00000251166 3540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 CPT1B-202ENST00000360719 2319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 PRKCSH-212ENST00000591462 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AC004754.1-201ENST00000600536 2242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 LHCGR-202ENST00000401907 1477 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 USP4-203ENST00000415188 1454 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 TMEM143-201ENST00000293261 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 MROH1-209ENST00000534366 5092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 C5orf38-207ENST00000515640 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AC055811.4-201ENST00000624039 1754 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 NDUFS7-202ENST00000313408 2818 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 SUGP2-215ENST00000601879 5546 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 ANKRD44-203ENST00000409153 2724 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 SLC6A20-204ENST00000456124 2662 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AL122018.1-201ENST00000446607 2310 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AC097374.1-201ENST00000568768 6624 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AC008894.2-201ENST00000597983 2987 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 SNAP91-215ENST00000521743 4263 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 DUSP18-204ENST00000403268 2920 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 MRPL55-201ENST00000295008 632 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 STOML1-203ENST00000359750 984 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 NME4-207ENST00000450036 985 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 SNHG15-206ENST00000580528 1073 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 TMEM101-204ENST00000587529 965 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 SLC16A1-207ENST00000538576 4374 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.9 ms