Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 MAP3K11-208ENST00000530153 2830 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 BCL2L11-219ENST00000619294 5132 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 NUCB1-201ENST00000405315 2668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 RIPK1-201ENST00000259808 4160 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 TMEM117-207ENST00000551577 2643 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 SDCBP2-AS1-201ENST00000446423 1811 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 RUNX3-201ENST00000308873 3861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 HMBOX1-210ENST00000523613 1730 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 TRIM72-201ENST00000322122 8500 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 TMPRSS4-214ENST00000523251 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 TMEM258-207ENST00000543510 1692 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 SNUPN-206ENST00000564675 1682 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 CMBL-201ENST00000296658 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 JMJD1C-202ENST00000399262 8666 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 ALDH8A1-204ENST00000367847 1587 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 TOPAZ1-201ENST00000309765 5334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 IL12A-201ENST00000305579 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 PPP1R12A-AS1-201ENST00000552885 3234 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 FRZB-201ENST00000295113 3162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 XRCC3-211ENST00000555055 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 TARS2-203ENST00000369054 1998 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 MBNL1-202ENST00000282488 6458 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 CXorf36-201ENST00000377934 2513 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 TIFA-201ENST00000361717 4157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 GLG1-202ENST00000422840 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 PCDHA10-201ENST00000307360 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 SH3KBP1-201ENST00000379697 1944 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 TMEM212-201ENST00000334567 1881 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 TOM1-201ENST00000382034 1300 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 SUCO-210ENST00000616058 5495 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 RWDD3-201ENST00000263893 1078 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 CCDC182-201ENST00000299415 832 ntAPPRIS P1 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 ITIH1-202ENST00000405128 1122 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 NAGK-205ENST00000443938 1221 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AC106886.2-201ENST00000483578 883 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 SCN4B-204ENST00000529878 566 ntTSL 4 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 KRT73-AS1-202ENST00000551089 563 ntTSL 4 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 LINC02356-202ENST00000552663 314 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AL049840.4-201ENST00000602422 811 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AC008738.7-201ENST00000609744 511 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 TRIM29-221ENST00000627238 510 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 ZNF772-202ENST00000356584 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 CASC2-202ENST00000426021 3232 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 PRDM1-203ENST00000369096 5164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 NMNAT3-203ENST00000413939 1711 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AP1M1-211ENST00000590756 1705 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 MYADM-205ENST00000391771 3111 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 ASXL1-210ENST00000613218 7038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 COG8-206ENST00000306875 4247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 SLC35C2-201ENST00000243896 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 MICB-201ENST00000252229 2446 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 TMPRSS3-204ENST00000433957 2403 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 RABL2A-206ENST00000409842 1979 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 ECHDC2-203ENST00000371522 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 ALG12-201ENST00000330817 5350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 ISPD-202ENST00000407010 5524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 DYSF-207ENST00000409762 6727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 DYSF-211ENST00000429174 6739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 MSI1-201ENST00000257552 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 PEX5L-215ENST00000485199 2992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 UBAP1L-201ENST00000502113 1381 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 ARFGAP1-203ENST00000370283 3281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 PSD4-201ENST00000245796 5188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 ARHGEF6-202ENST00000370620 4764 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 PATZ1-203ENST00000351933 3638 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 KIF19-202ENST00000389916 3643 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 EIF4G1-203ENST00000350481 4990 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 TBC1D17-201ENST00000221543 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 TBC1D17-209ENST00000622860 2370 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 TECR-201ENST00000215567 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 UPK2-201ENST00000264031 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 C16orf92-201ENST00000300575 895 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 LRRN1-201ENST00000319331 3823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 RABL2A-203ENST00000393166 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AL365255.1-202ENST00000413887 363 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 PCAT6-201ENST00000417262 748 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 HDAC2-AS2-213ENST00000520891 603 ntTSL 4 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 ATP6V0A2-207ENST00000544833 1013 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 LINC01220-201ENST00000558575 715 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 ZNF550-208ENST00000601415 515 ntTSL 4 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 LINC01515-215ENST00000608678 854 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 RPP40-207ENST00000618533 1056 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AC093028.1-201ENST00000622998 982 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 ZNF133-203ENST00000377671 2701 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AC104581.4-201ENST00000623126 3052 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 POLL-206ENST00000370172 2308 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 FYN-202ENST00000354650 3628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 SPOCK3-202ENST00000357545 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 FBXO5-202ENST00000367241 2221 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 CCNF-202ENST00000397066 4283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 ATP6AP2-213ENST00000636251 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 IARS2-201ENST00000366922 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 P2RX5-208ENST00000552050 1536 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 FAM210A-202ENST00000402563 4240 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 PRKN-204ENST00000366896 2514 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 CACNA1A-202ENST00000573710 7569 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 SPATS2-203ENST00000547865 1810 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.7 ms