Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 TMCO5B-205ENST00000530020 894 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
COL9A1P20849 CCDC7-207ENST00000535327 700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL9A1P20849 UBE3B-206ENST00000536398 1120 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL9A1P20849 CCDC7-208ENST00000537047 657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL9A1P20849 CCDC7-209ENST00000539197 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL9A1P20849 NR2C2AP-207ENST00000544883 899 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL9A1P20849 AL132642.1-201ENST00000557646 553 ntTSL 4 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL9A1P20849 AL031058.1-201ENST00000561592 888 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
COL9A1P20849 AC018846.1-201ENST00000568231 183 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
COL9A1P20849 AC026803.1-201ENST00000569130 274 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
COL9A1P20849 LINC02081-203ENST00000591384 867 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL9A1P20849 AC008764.5-201ENST00000597851 190 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL9A1P20849 AL645608.7-201ENST00000607769 351 ntTSL 4 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL9A1P20849 ANGPTL8-204ENST00000616433 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL9A1P20849 SRP19-208ENST00000621420 1270 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL9A1P20849 ENPP7P14-201ENST00000621765 1040 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
COL9A1P20849 PSMD5-208ENST00000625444 219 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL9A1P20849 ACSL1-208ENST00000507295 2490 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL9A1P20849 DYNC1LI2-203ENST00000443351 1502 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL9A1P20849 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL9A1P20849 MAP4K3-202ENST00000341681 4271 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL9A1P20849 RAB9A-202ENST00000464506 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL9A1P20849 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL9A1P20849 PCDHA13-201ENST00000289272 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 KLHDC2-206ENST00000554589 1641 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 KRT76-201ENST00000332411 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 C16orf58-201ENST00000327237 2793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 RHOF-201ENST00000267205 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 PCDHB6-202ENST00000622991 2608 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 TPM1-206ENST00000358278 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 ZNF786-201ENST00000316286 3144 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 SLC38A5-213ENST00000620913 1993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 H3F3A-201ENST00000366813 1308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 TSPAN3-205ENST00000558745 1340 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 NMNAT3-201ENST00000296202 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC127383.1-201ENST00000444697 1800 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 SEPT11-206ENST00000505788 2079 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 EIF4ENIF1-206ENST00000397525 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 PCSK4-201ENST00000300954 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 CCDC71L-202ENST00000523505 4232 ntAPPRIS P2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AL022326.1-201ENST00000434516 1778 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 ETV3-201ENST00000326786 1539 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 CALU-205ENST00000535011 3210 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 ATP6V1F-201ENST00000249289 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 TPM2-202ENST00000360958 1189 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 EEF1B2-203ENST00000392222 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 PEMT-204ENST00000395783 1008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC016757.1-202ENST00000409376 892 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AL391832.2-203ENST00000423175 554 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 EIF3FP3-201ENST00000434851 1086 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 CHCHD2P9-201ENST00000461726 456 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 MYLK-AS1-202ENST00000470449 760 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC004066.1-201ENST00000502488 802 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC093909.3-201ENST00000504783 336 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AL391280.1-201ENST00000506969 1062 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC093879.1-201ENST00000508959 1176 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC090833.1-202ENST00000511073 781 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC025524.2-206ENST00000517953 439 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 LINC02424-201ENST00000548512 1264 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 MYL6-218ENST00000550697 901 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC092756.1-201ENST00000560248 448 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC019294.2-203ENST00000569596 594 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 MED11-202ENST00000573708 802 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC005954.1-201ENST00000591962 337 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC010503.1-201ENST00000596027 520 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 CSNK1A1-209ENST00000606299 1075 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC004466.2-201ENST00000614749 516 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 CENPN-202ENST00000305850 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 ANKRD30BP2-201ENST00000435744 1610 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 TUBB3-206ENST00000554444 1978 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 HERPUD1-202ENST00000344114 1388 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 ELP5-203ENST00000396627 1389 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 DGAT2-202ENST00000376262 2324 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 TNIP1-217ENST00000523200 1743 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 MAGEA2-204ENST00000611674 1728 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 THOC5-203ENST00000397872 2676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 CYP4B1-202ENST00000371919 1494 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 SCAMP1-AS1-201ENST00000421004 1479 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC136759.1-201ENST00000534201 2163 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 NPRL3-211ENST00000611875 2881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 KRTAP10-7-201ENST00000609664 1578 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 PCIF1-201ENST00000372409 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 NFATC1-208ENST00000586434 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 LAP3-211ENST00000618908 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 BUD13-202ENST00000375445 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 GINS2-201ENST00000253462 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 C1QTNF1-202ENST00000339142 3100 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC010491.1-201ENST00000563101 2797 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 ZMYM3-202ENST00000373978 1511 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 C11orf71-202ENST00000623205 1980 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 ABHD3-201ENST00000289119 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 KDSR-202ENST00000406396 5447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 SLC9A1-203ENST00000374086 2183 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 RCHY1-202ENST00000380840 1735 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms