Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 ZFP36-203ENST00000597629 1786 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 AC131160.1-201ENST00000639401 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 SEMA4F-201ENST00000339773 2177 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 GORAB-202ENST00000367763 2189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 PBDC1-201ENST00000373357 977 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 TRO-205ENST00000399736 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 AL627389.1-201ENST00000413508 1182 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 RN7SL67P-201ENST00000492147 296 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 OSMR-AS1-202ENST00000512519 837 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 AC138230.1-201ENST00000525893 664 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 AC103810.10-201ENST00000606504 343 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 CNOT7-213ENST00000628418 432 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 HMGXB3-201ENST00000502717 4974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 VIPR2-201ENST00000262178 3944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 UPK3BL1-201ENST00000340457 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 EXD3-201ENST00000340951 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 UBL7-201ENST00000361351 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 AGER-201ENST00000375055 1369 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 SCNN1A-221ENST00000543768 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 TMC5-202ENST00000381414 4755 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 DENND3-201ENST00000262585 5438 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 ZC2HC1C-201ENST00000238686 2249 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 TOB1-202ENST00000499247 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 SURF4-207ENST00000545297 2863 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 TAPBP-233ENST00000426633 1888 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 KIAA1586-201ENST00000370733 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 CROT-201ENST00000331536 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 ATP5H-201ENST00000301587 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 PFN2-202ENST00000423691 911 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 RPL37A-203ENST00000427280 698 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 AC012360.1-201ENST00000433219 674 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 AL645933.1-201ENST00000440087 609 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 RPL37A-206ENST00000456586 401 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 ZNF124-204ENST00000491356 956 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 AC006122.1-201ENST00000493323 440 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 UPK1B-205ENST00000497685 981 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 TMEM218-205ENST00000527271 706 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 LGALS3-204ENST00000554715 916 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 AC133919.1-201ENST00000562203 416 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 AC026803.1-201ENST00000569130 274 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 SHBG-207ENST00000570547 801 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 NFIC-204ENST00000586919 1221 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 RPL37A-211ENST00000598925 775 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 AL109837.1-201ENST00000603272 613 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 MUC1-226ENST00000614519 1093 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 CCNC-209ENST00000520371 2186 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 PHF10-205ENST00000612128 4395 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 SLC1A5-201ENST00000412532 1750 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 SPIN3-224ENST00000639583 2245 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 BANP-204ENST00000393208 2283 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 BECN1-213ENST00000590099 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 SMG1P3-206ENST00000522841 2774 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 RMND1-202ENST00000367303 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 PIGQ-201ENST00000026218 2846 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 AC023090.2-201ENST00000625182 2110 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 SGCE-204ENST00000428696 1409 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 PCDHB19P-201ENST00000570871 2371 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 AC144522.1-201ENST00000625111 1658 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 NEUROD1-201ENST00000295108 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 GOSR2-203ENST00000415811 2171 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 ZNF574-202ENST00000359044 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 SYNPO-201ENST00000307662 5374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 UCN2-201ENST00000273610 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 PIGT-202ENST00000279036 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 CCDC144A-202ENST00000340621 2214 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 TGOLN2-205ENST00000409232 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 LONRF3-201ENST00000304778 2989 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 TCF4-201ENST00000354452 3482 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 MAPT-201ENST00000262410 6762 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 NRCAM-217ENST00000613830 3025 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 CNKSR1-202ENST00000374253 2538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 ACYP1-201ENST00000238618 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 THAP4-202ENST00000402136 785 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 LINC01388-201ENST00000416242 416 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 KRT18P66-201ENST00000452970 1269 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 PGAP2-208ENST00000464229 863 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 AC133961.1-201ENST00000503085 762 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 AC105362.1-201ENST00000511234 564 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 IFITM1-204ENST00000528780 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 HS3ST3A1-202ENST00000578576 750 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 AC008133.1-201ENST00000584688 557 ntTSL 4 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 YRDCP1-201ENST00000621419 643 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 DNAAF2-202ENST00000406043 2819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 P3H1-202ENST00000296388 2585 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 CLIC5-208ENST00000544153 2051 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 LSP1-204ENST00000406638 2640 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 C12orf76-207ENST00000549724 1302 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 AP000845.1-201ENST00000581677 2131 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 CPEB2-201ENST00000259997 5612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 FAM90A2P-201ENST00000511144 1395 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 FAM90A25P-201ENST00000528404 1395 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 CAP2P1-201ENST00000557743 1390 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 HNF1A-216ENST00000617366 2473 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 SGK3-211ENST00000522398 3106 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 239 ms