Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 PDE4A-209ENST00000592685 2707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 PNLDC1-202ENST00000392167 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 CELF4-221ENST00000601019 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 RGMB-201ENST00000308234 4580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 PTBP1-221ENST00000635647 3691 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 NPRL3-212ENST00000620134 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ANAPC13-206ENST00000514612 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 TOM1L2-209ENST00000540946 1420 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 MARVELD3-201ENST00000268485 2912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ARNT2-209ENST00000622346 2932 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 CPA1-201ENST00000011292 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AC138969.3-201ENST00000546612 1459 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AC138932.2-201ENST00000548268 1459 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AC126755.4-201ENST00000549796 1459 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 SYNPO2L-202ENST00000394810 4921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AIFM1-209ENST00000535724 2468 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 FAM219B-201ENST00000357635 3550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 MOCS3-201ENST00000244051 5106 ntAPPRIS P1 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ADD3-202ENST00000356080 3081 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 CUX2-201ENST00000261726 6844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 GLIPR1L2-204ENST00000550916 2609 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 RCL1-204ENST00000381750 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 PSMD9-207ENST00000541212 2784 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 SLIT1-201ENST00000266058 7925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 JPH3-201ENST00000284262 3985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 CCDC105-201ENST00000292574 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ZBTB1-201ENST00000358738 4119 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 NEAT1-201ENST00000499732 1811 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 PKM-220ENST00000568459 1806 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 CBX3-202ENST00000396386 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ENO2-211ENST00000541477 2549 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 WWOX-204ENST00000408984 1227 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 CRIP1-203ENST00000409393 677 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AZGP1P1-201ENST00000411909 902 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 C21orf33-205ENST00000427803 1077 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AHSA1-202ENST00000535854 1173 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AC092384.3-201ENST00000561980 531 ntTSL 4 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 UBE3D-208ENST00000626828 114 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 MUC20-201ENST00000320736 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 FGD6-203ENST00000546711 4568 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 PIANP-202ENST00000534837 2695 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 PCDHB3-201ENST00000231130 3355 ntAPPRIS P1 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 DHX16-202ENST00000376442 3445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 PLCXD2-201ENST00000393934 2063 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ABR-205ENST00000544583 5595 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 TUBGCP6-201ENST00000248846 5612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 PRRG2-201ENST00000246794 1404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 GAL3ST4-202ENST00000411994 1404 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 NUP210-201ENST00000254508 7193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 HNRNPH1-204ENST00000442819 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 SNAP91-213ENST00000521485 4521 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 PDE6G-204ENST00000573076 1505 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AFAP1-204ENST00000420658 7768 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 RPS6KA4-201ENST00000334205 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 TSEN2-201ENST00000284995 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 GABPB1-202ENST00000359031 1633 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ENDOV-206ENST00000518901 2549 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 FAM90A1-203ENST00000538603 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 IL17RA-201ENST00000319363 8607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 PRMT3-202ENST00000331079 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 TRAF1-201ENST00000373887 6324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 INTS11-204ENST00000421495 1868 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 MN1-201ENST00000302326 7556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ARID4B-201ENST00000264183 4995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 UCK1-203ENST00000372211 2114 ntTSL 3 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 SRP54-202ENST00000546080 2187 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ADCY3-202ENST00000405392 4397 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 CNKSR2-203ENST00000425654 5668 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 SF1-209ENST00000433274 2317 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ACIN1-201ENST00000262710 4935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 FGR-204ENST00000399173 2483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ANO10-205ENST00000414522 2450 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 EIF4E-201ENST00000280892 1097 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 HLA-H-201ENST00000383620 1096 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ITGB2-204ENST00000397846 422 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 CYB5A-203ENST00000397914 619 ntTSL 3 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 FXR1-221ENST00000491674 365 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 CDKN2A-209ENST00000498628 926 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 SUOX-214ENST00000551841 906 ntTSL 3 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 CMC2-214ENST00000565925 640 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AC027307.2-201ENST00000591252 911 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 SPIB-207ENST00000597855 564 ntTSL 4 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 NSL1-203ENST00000366978 1344 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AKAP8P1-201ENST00000434743 1349 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 SORCS1-201ENST00000263054 7272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 VSIR-201ENST00000394957 4689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74.5 ms