Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 ARRB1-202ENST00000420843 3336 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 CMTR2-201ENST00000338099 4869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 C7orf57-203ENST00000430738 2056 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AIPL1-207ENST00000574506 2074 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 MGRN1-206ENST00000586183 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 TMEM53-204ENST00000372243 1579 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 TRIM65-201ENST00000269383 3439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 GPC3-202ENST00000394299 2379 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 KIAA0319-203ENST00000535378 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 SSTR1-201ENST00000267377 4295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ARHGAP45-201ENST00000313093 4273 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 POU6F1-208ENST00000550824 2664 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ZNF7-203ENST00000525266 1874 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 MRGPRX3-201ENST00000396275 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 SPG21-203ENST00000433215 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 FRMD8-202ENST00000355991 3514 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AC092535.1-201ENST00000417557 2165 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 EIF5A-206ENST00000571955 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 PIMREG-205ENST00000572447 1948 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 CRMP1-205ENST00000512574 2764 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ANO9-201ENST00000332826 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 MAGED2-201ENST00000218439 1958 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 TBXAS1-208ENST00000448866 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 CARD10-203ENST00000406271 3127 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 PPP1R27-202ENST00000570394 1443 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 C15orf59-204ENST00000569673 6573 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ZNF576-203ENST00000525771 2327 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 TCAF2-202ENST00000411935 2906 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ITGAM-202ENST00000544665 4718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ROCK1-201ENST00000399799 9484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 CDH1-213ENST00000612417 2068 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 PLAU-202ENST00000446342 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 SYMPK-213ENST00000599460 5449 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 RAD51-201ENST00000267868 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 HBP1-212ENST00000485846 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 FES-203ENST00000394302 2133 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ZNF541-203ENST00000391901 4580 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ADPRHL1-201ENST00000356501 1877 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 FOXD4L5-201ENST00000377420 3109 ntAPPRIS P1 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 SRSF5-203ENST00000553521 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 MAGED4B-202ENST00000360134 2510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 SLC19A1-201ENST00000311124 3811 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 TPM2-201ENST00000329305 1018 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 SMIM27-204ENST00000453396 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 FAM84B-201ENST00000304916 5404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 YTHDF3-205ENST00000539294 5163 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AC090099.1-203ENST00000527059 2945 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 E2F7-202ENST00000416496 5297 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AL662899.1-201ENST00000461287 2332 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 PEX5-207ENST00000455147 2689 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 COX6B2-201ENST00000326529 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 TTLL4-212ENST00000457313 3723 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ZBTB2-201ENST00000325144 3090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 CCDC117-202ENST00000421503 3766 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ZCCHC7-209ENST00000534928 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 SHANK2-204ENST00000409530 2123 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 KCNJ11-204ENST00000528731 2146 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 XPNPEP1-218ENST00000502935 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 SIGLEC16-202ENST00000602139 2510 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 CRYBG1-204ENST00000633556 9909 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 CD1E-212ENST00000368167 1458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AC012508.2-201ENST00000567613 1472 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 FAM156A-221ENST00000622447 3757 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 FBLIM1-201ENST00000332305 1530 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 SEZ6L-209ENST00000529632 6534 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ABHD16A-202ENST00000440843 1906 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ITPRIPL1-205ENST00000536814 1947 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 NDFIP2-205ENST00000612570 4648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 UBTF-204ENST00000436088 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ROBO4-201ENST00000306534 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 PPT1-213ENST00000641319 2388 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AMOTL2-201ENST00000249883 4488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 CTCFL-205ENST00000423479 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 RER1-207ENST00000488353 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 NDUFC2-201ENST00000281031 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 EPHB3-201ENST00000330394 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 GSTO1-201ENST00000369710 900 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 CCDC107-204ENST00000378409 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AP001062.3-201ENST00000422357 704 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AC078942.1-201ENST00000448698 589 ntTSL 4 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 SLC50A1-209ENST00000484157 886 ntTSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 NAALADL1-207ENST00000526799 959 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AC008267.7-201ENST00000624570 1194 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AC079781.4-201ENST00000641908 219 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 MED22-209ENST00000610888 3867 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 C2orf68-202ENST00000409734 1722 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ITGB4-203ENST00000450894 5645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 FANCG-201ENST00000378643 2631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 E2F7-201ENST00000322886 5740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 RMDN3-201ENST00000260385 3138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 C9orf152-201ENST00000400613 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.8 ms