Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 LINC00475-202ENST00000416438 2506 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 ZNF219-203ENST00000451119 2918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 PGC-202ENST00000373025 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 ZNF586-202ENST00000396150 1977 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 AADAT-208ENST00000515480 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 KREMEN1-203ENST00000407188 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 DPY19L2P2-201ENST00000312132 4078 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 GTF2I-212ENST00000573035 4548 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 ANKHD1-202ENST00000297183 7606 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 TPD52L2-206ENST00000358548 2275 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 MARS-201ENST00000262027 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 DIS3-202ENST00000377780 5232 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 MROH1-207ENST00000528919 5234 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 ITSN1-204ENST00000381285 6107 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 ST20-AS1-201ENST00000560255 4223 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 CALY-202ENST00000368555 783 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 PSMB8-203ENST00000395339 1025 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 GRAP-202ENST00000395635 834 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 AC008278.1-201ENST00000431117 568 ntTSL 4 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 FYCO1-203ENST00000438446 1072 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 ZFAND2B-212ENST00000444522 1199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 CXCL6-203ENST00000515050 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 SPSB2-204ENST00000523102 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 SPSB2-205ENST00000524270 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 DCUN1D5-209ENST00000531543 1030 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 STOM-203ENST00000538954 1257 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 BANF1P1-201ENST00000553684 263 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 AC026471.2-201ENST00000569782 655 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 RPS19-202ENST00000593863 526 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 ALKBH7-203ENST00000599849 556 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 FKBP4-208ENST00000630279 156 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 AC025048.6-201ENST00000634326 1161 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 SNED1-202ENST00000342631 1930 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 GSK3B-201ENST00000264235 7711 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 RFX2-222ENST00000592546 2578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 EDIL3-201ENST00000296591 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 UGT3A2-201ENST00000282507 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 ATXN7L1-207ENST00000477775 2426 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 CDS2-203ENST00000460006 9298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 CLN8-205ENST00000520991 1305 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 SLC26A11-202ENST00000411502 2872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 TRAF3-204ENST00000539721 1786 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 RNPS1-223ENST00000568631 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 PAX6-276ENST00000640684 1557 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 STAT1-203ENST00000392323 2723 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 NCALD-217ENST00000521599 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 AC092135.3-201ENST00000624151 1846 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 SEMA3F-202ENST00000413852 3212 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 PCBP4-205ENST00000461554 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 TRIM3-215ENST00000639856 2137 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 SFXN3-202ENST00000393459 3098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 PRRG2-201ENST00000246794 1404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 POLM-203ENST00000395831 2380 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 RGS20-201ENST00000276500 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 TRMT1-201ENST00000221504 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 NEDD4L-205ENST00000400345 3647 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 MPZL1-203ENST00000392121 3421 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 TCAIM-201ENST00000342649 3687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 LARGE1-201ENST00000354992 4409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 DUS4L-201ENST00000265720 2220 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 UBE3A-207ENST00000614096 8741 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 SLC9A7-205ENST00000616978 10024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 SCNN1D-205ENST00000379116 3044 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 AIP-201ENST00000279146 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 GPHB5-201ENST00000314140 393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 PKIG-202ENST00000372886 1180 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 IGHV3-23-201ENST00000390609 432 ntAPPRIS P1 BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 FBLN7-204ENST00000409667 1124 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 PABPN1L-202ENST00000419291 1272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 AL161785.2-201ENST00000427080 966 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 NECAP2-203ENST00000457722 935 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 PUDP-206ENST00000540122 825 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 CR383656.12-201ENST00000549567 513 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 AL079307.3-201ENST00000556114 283 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 AC009407.1-201ENST00000568958 598 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 PRR29-204ENST00000577953 565 ntTSL 4 BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 AC024267.1-201ENST00000582320 895 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 AC010619.1-201ENST00000599536 675 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 AL133215.2-201ENST00000609242 977 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 AL844908.2-201ENST00000609461 460 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 DBI-211ENST00000627093 554 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 CHDH-201ENST00000315251 7665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 GFY-202ENST00000610896 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 PUS7-202ENST00000469408 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 LINC02395-201ENST00000546821 3157 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 CEP76-201ENST00000262127 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 HTR3A-205ENST00000504030 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 ABCG1-205ENST00000398449 2998 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 PRDM15-201ENST00000269844 4881 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 LRIG3-201ENST00000320743 4070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 CAMK1D-204ENST00000619168 8153 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 IRF2BP2-201ENST00000366609 4663 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 WASH3P-207ENST00000560956 1394 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 LINC01107-201ENST00000446979 1975 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 ZNF397-201ENST00000261333 1419 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
PTPN4P29074 PAX6-202ENST00000379107 2579 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.6 ms