Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 CTNND2-214ENST00000511377 4336 ntTSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 C10orf10-201ENST00000298295 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 HSPB7-204ENST00000411503 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 AL662844.4-201ENST00000606367 2838 ntBASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 C7orf31-201ENST00000283905 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 GATA3-201ENST00000346208 2654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 AC092364.2-201ENST00000596710 2692 ntBASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 SKOR1-201ENST00000341418 3332 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 WASF1-207ENST00000392589 3220 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 MPV17-201ENST00000233545 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 HMGN3-201ENST00000275036 831 ntTSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 MBD3L5-201ENST00000329753 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 HMGN3-202ENST00000344726 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 C1orf53-201ENST00000367393 588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 CD1E-202ENST00000368155 696 ntTSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 CD1E-204ENST00000368157 399 ntTSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 C6orf136-202ENST00000376471 614 ntTSL 3 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 IYD-204ENST00000392255 1180 ntTSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 AP1S3-204ENST00000409375 552 ntTSL 3 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 PEX13-203ENST00000414712 1014 ntTSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 PARVG-202ENST00000415224 999 ntTSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 C9orf116-205ENST00000429260 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 HHIP-AS1-201ENST00000503066 897 ntTSL 5 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 WSPAR-201ENST00000513561 683 ntTSL 3 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 SYT17-208ENST00000568433 812 ntTSL 3 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 MBD3L2B-202ENST00000637800 774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 AL805961.1-203ENST00000641078 1258 ntBASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 ITPK1-210ENST00000556603 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 AL035460.1-201ENST00000380593 1866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 KHK-202ENST00000260599 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 PITPNA-201ENST00000313486 3912 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 NPHP3-201ENST00000337331 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 CYP4B1-203ENST00000371923 2110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 ADGRA1-AS1-202ENST00000444433 2646 ntTSL 3 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 AC008770.3-201ENST00000590798 1562 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 AC008741.2-201ENST00000612792 3115 ntBASIC14.26□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 GRAMD1A-202ENST00000411896 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 IKBKE-204ENST00000584998 2487 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 SYNDIG1L-202ENST00000554823 2420 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 GAS7-213ENST00000580865 2417 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 IQCC-202ENST00000537469 2252 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 BACE1-211ENST00000528053 4083 ntTSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 TLE2-203ENST00000443826 2238 ntTSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 VPS54-201ENST00000272322 3463 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 OAZ2-207ENST00000560258 1744 ntTSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 PTPRF-201ENST00000359947 7727 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 RAB40AL-201ENST00000218249 1029 ntAPPRIS P1 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 RDH5-201ENST00000257895 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 GAL-201ENST00000265643 818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 SPDYE4-201ENST00000328794 923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 CRYBA4-201ENST00000354760 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 NPPA-201ENST00000376476 728 ntTSL 3 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 TMEM177-203ENST00000409951 1216 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 AC007319.1-202ENST00000412276 829 ntTSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 SLC16A6P1-201ENST00000413214 1059 ntBASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 AL450469.2-201ENST00000427132 499 ntTSL 3 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 AL133481.1-201ENST00000438554 511 ntTSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 AC234782.1-201ENST00000451950 919 ntBASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 CLDN11-207ENST00000486975 1139 ntTSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 MCPH1-AS1-203ENST00000525186 869 ntTSL 3 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 IQSEC3P1-201ENST00000538799 536 ntBASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 RDH5-204ENST00000548082 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 MAX-211ENST00000555667 574 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 CMTM3-215ENST00000568477 687 ntTSL 3 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 NFATC3-222ENST00000575270 3824 ntTSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 MIR3147-201ENST00000577811 66 ntBASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 RN7SL163P-201ENST00000583100 276 ntBASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 AC008750.3-201ENST00000601148 437 ntTSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 TUBB4A-212ENST00000601152 590 ntTSL 4 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 AP003419.4-201ENST00000616071 517 ntBASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 LINC01669-205ENST00000624561 713 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 AC004923.1-202ENST00000642106 209 ntBASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 ERP29-203ENST00000546477 1698 ntTSL 3 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 TMEM30A-201ENST00000230461 4594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 NDRG2-209ENST00000397853 2079 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 CHRNE-201ENST00000293780 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 FGF4-201ENST00000168712 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 CLMAT3-201ENST00000510576 1973 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 MCF2L2-201ENST00000328913 4980 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 ADD1-205ENST00000398125 4079 ntTSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 SEPT9-237ENST00000591198 2160 ntTSL 2 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 PHTF1-205ENST00000393357 3244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 CHAD-203ENST00000508540 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 FOXN1-203ENST00000579795 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 KIF26A-201ENST00000315264 6714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 GLOD4-203ENST00000536578 2497 ntTSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 ANP32A-203ENST00000465139 2440 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 TNR-201ENST00000263525 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 NBPF9-207ENST00000615421 5835 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 ANKRD35-202ENST00000544626 3093 ntTSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 PRSS16-201ENST00000230582 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 TAF15-205ENST00000603777 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 SHTN1-201ENST00000260777 5308 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 ELFN2-208ENST00000430883 1970 ntTSL 2 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 PRMT6-201ENST00000370078 2616 ntAPPRIS P1 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 TRPC3-202ENST00000379645 3548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 ST3GAL2-201ENST00000342907 4450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CLN3Q13286 EDF1-202ENST00000371648 809 ntTSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
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