Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 PCSK6-221ENST00000632686 1210 ntTSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 COX6B2-201ENST00000326529 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 FSTL4-201ENST00000265342 5419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 GPR17-201ENST00000272644 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 BRCC3-201ENST00000330045 2496 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC091951.1-201ENST00000512854 2465 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 SEMA4F-202ENST00000357877 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 SNX11-202ENST00000393405 2733 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 SLC22A6-204ENST00000458333 1521 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC100803.3-201ENST00000606664 2961 ntTSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 MIER1-208ENST00000401041 2552 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 FAM13B-201ENST00000033079 5465 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 TARSL2-201ENST00000335968 3610 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 TINF2-202ENST00000399423 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC009133.1-201ENST00000569981 2449 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 SPG21-203ENST00000433215 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 TRIM62-204ENST00000543586 1638 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 RAP1GAP2-209ENST00000637138 3175 ntTSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 CAMKV-217ENST00000620470 1485 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 STMN1-203ENST00000399728 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 CICP23-201ENST00000605013 2741 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 TMEM2-202ENST00000377044 6523 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 ATP5B-201ENST00000262030 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 MGRN1-206ENST00000586183 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 LRRTM1-201ENST00000295057 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 NCOR2-208ENST00000429285 8475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 MZF1-201ENST00000215057 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 TMEM50A-201ENST00000374358 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 GSN-215ENST00000545652 2428 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 PTGES3L-AARSD1-204ENST00000421990 2150 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 MBD1-211ENST00000585595 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 CATSPER4-202ENST00000456354 1912 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC002310.1-201ENST00000457283 1445 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 TMEM245-201ENST00000374586 7980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 CNOT8-201ENST00000285896 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 THAP2-201ENST00000308086 5719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 ZNF575-202ENST00000458714 2285 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 DSCAML1-203ENST00000527706 6099 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 ADGRE2-208ENST00000595839 2046 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 SAMD4A-213ENST00000631086 6677 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 DCUN1D4-202ENST00000381441 4207 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 KIF17-201ENST00000247986 3969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 EPHA2-201ENST00000358432 3964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 TNS2-202ENST00000314276 4944 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 PDCD2L-201ENST00000246535 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 TNNC2-201ENST00000372555 710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 TMEM120A-203ENST00000439537 1161 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 UBA5-213ENST00000494238 2997 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 SDHAP3-202ENST00000515467 728 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC087612.1-201ENST00000560238 658 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 CARHSP1-203ENST00000561530 729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 COMMD4-207ENST00000562789 746 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 YPEL2-205ENST00000585166 881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC105277.1-203ENST00000635492 1293 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC004834.1-204ENST00000640670 1055 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 ANKRD42-208ENST00000531895 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 GPAT2-202ENST00000434632 3061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 KYAT1-202ENST00000320665 1623 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 DMBT1P1-203ENST00000636837 4628 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 CLDN22-201ENST00000323319 2581 ntAPPRIS P1 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC138517.2-201ENST00000637503 2594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 IKZF1-202ENST00000343574 5925 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 BCL2L2-PABPN1-203ENST00000557008 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 PKD2L2-205ENST00000508638 2333 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 UBL7-209ENST00000567435 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 ELN-208ENST00000380575 3043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 ANKRD2-203ENST00000370655 1451 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 LINC01136-203ENST00000457348 2539 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 TFAP2C-201ENST00000201031 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 PRPH-201ENST00000257860 3245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 HNRNPU-204ENST00000440865 3207 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 SIMC1-205ENST00000443967 3572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 KIAA1191-201ENST00000298569 2991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 BBS1-225ENST00000630659 1934 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 RET-201ENST00000340058 4149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 ZNF541-203ENST00000391901 4580 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 SLC35F2-204ENST00000525815 3170 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 TTC7A-202ENST00000394850 4306 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 MKRN3-203ENST00000568252 1312 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 SHANK2-204ENST00000409530 2123 ntTSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 GSKIP-201ENST00000438650 2140 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 PPP2R5E-201ENST00000337537 6659 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 UBE3A-226ENST00000637886 8725 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 SPIN3-204ENST00000638257 4835 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 GOLGA2-212ENST00000609374 2973 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 MTCL1-202ENST00000359865 6093 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 APAF1-202ENST00000357310 7055 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 MAP4K1-210ENST00000591517 2700 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 PSMB6-201ENST00000270586 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 TM4SF19-201ENST00000273695 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.4 ms