Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 AL109954.1-202ENST00000564051 2148 ntBASIC16.21■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 PDE8B-204ENST00000342343 2677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 NXN-210ENST00000575801 2681 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 ADCYAP1R1-204ENST00000409489 1761 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 MAP2K3-202ENST00000342679 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 SPIN2A-201ENST00000374906 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 AC020910.5-201ENST00000623668 1865 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 ZEB1-AS1-208ENST00000607166 2503 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 PLSCR4-204ENST00000446574 1442 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 SGCE-205ENST00000437425 1508 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 PRR5-203ENST00000403581 2279 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 MAPT-213ENST00000571987 2277 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 NEO1-207ENST00000560262 4315 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 PEX11B-201ENST00000369306 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 CD19-201ENST00000324662 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 RAB4B-201ENST00000357052 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 LENEP-202ENST00000392487 555 ntAPPRIS P1 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 PACSIN2-204ENST00000403744 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 PLD3-204ENST00000409281 2115 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 AL450469.1-201ENST00000418953 461 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 LINC01840-201ENST00000421870 571 ntTSL 4 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 Z98752.1-201ENST00000442482 518 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 HSPB1P2-201ENST00000448722 546 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 AC104306.2-201ENST00000451877 341 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 TMEM14B-210ENST00000473276 730 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 AC099548.2-209ENST00000480264 625 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 PRSS30P-204ENST00000489864 650 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 NDUFC1-210ENST00000539387 725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 NOP2-211ENST00000540228 668 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 COX14-203ENST00000550487 739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 BLOC1S1-205ENST00000551926 531 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 AC136428.1-201ENST00000569103 349 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 THAP4-206ENST00000612200 969 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 TMEM14B-220ENST00000612333 888 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 AC023090.2-201ENST00000625182 2110 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 LINC00595-217ENST00000635545 549 ntTSL 4 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 PSMC3-212ENST00000602866 1373 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 DUS2-207ENST00000565263 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 TBC1D3P5-202ENST00000581469 2513 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 PLPPR4-203ENST00000457765 4846 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 TCP10-201ENST00000366827 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 SMAD6-201ENST00000288840 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 TSEN2-201ENST00000284995 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 RFX1-201ENST00000254325 4332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 MEGF6-201ENST00000294599 4501 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 CACFD1-206ENST00000540581 2880 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 SPTBN4-202ENST00000352632 8676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 NDRG1-202ENST00000414097 3755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 KCNH3-201ENST00000257981 3867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 NCOA6-206ENST00000612493 4082 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 MRPS7-201ENST00000245539 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 AP000593.2-201ENST00000542775 1433 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 AC011840.2-201ENST00000563063 1520 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 AC010327.3-201ENST00000591665 1643 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 CCDC40-202ENST00000374876 2010 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 TCP11L1-201ENST00000334274 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 HNRNPUL1-220ENST00000602130 2932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 SNAPC3-202ENST00000380821 5680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 EGFR-203ENST00000344576 2864 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 MYEF2-215ENST00000610570 2591 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 PPM1J-202ENST00000464951 2474 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 PUS7-202ENST00000469408 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 AC112484.1-201ENST00000508239 2291 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 AC020907.1-201ENST00000616460 1350 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 RN7SKP230-201ENST00000365642 335 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 EMC3-AS1-202ENST00000366264 559 ntTSL 4 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 RN7SKP175-201ENST00000408472 289 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 DYNC1I1-203ENST00000413338 958 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 LIMS4-201ENST00000413601 1215 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 AC004945.1-201ENST00000416738 983 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 AL451065.1-201ENST00000428958 238 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 RPL23A-206ENST00000496182 636 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 RPL28-208ENST00000559463 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 AC104982.3-201ENST00000581995 514 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 AC004637.1-201ENST00000586675 482 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 AC243960.2-201ENST00000600996 747 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 ZACNP1-201ENST00000612259 710 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 ABCB6-201ENST00000265316 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 ZNF706-201ENST00000311212 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 TRPC6-203ENST00000360497 2631 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 TLCD2-201ENST00000330676 5971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 PLPP3-201ENST00000371250 3292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 NUS1-201ENST00000368494 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 MIER1-208ENST00000401041 2552 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 CDH1-202ENST00000422392 2567 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 PGA5-201ENST00000312403 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 CAP2-206ENST00000489374 1430 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 CES4A-207ENST00000540947 2284 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 MEIKIN-203ENST00000442687 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 WDR45-224ENST00000485908 1301 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 ERO1A-201ENST00000395686 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 CSGALNACT1-211ENST00000522854 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 PPM1D-201ENST00000305921 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 LDLR-204ENST00000545707 2429 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 PPOX-201ENST00000352210 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 M6PR-202ENST00000536844 2305 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 MGEA5-202ENST00000361464 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SOX4Q06945 TUFT1-201ENST00000353024 2107 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.2 ms