Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 HNRNPA1P27-201ENST00000412087 955 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
CUX1P39880 TP53AIP1-201ENST00000458238 777 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CUX1P39880 AC097103.2-201ENST00000504670 602 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CUX1P39880 CYB561D1-207ENST00000527072 892 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CUX1P39880 ASNSD1-206ENST00000607062 968 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CUX1P39880 CYP1B1-AS1-221ENST00000627172 995 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CUX1P39880 TSPAN17-209ENST00000515708 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CUX1P39880 FHL2-206ENST00000408995 1367 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CUX1P39880 NR1H3-235ENST00000616973 1919 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CUX1P39880 HNF1A-216ENST00000617366 2473 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CUX1P39880 VAMP2-202ENST00000404970 1479 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CUX1P39880 CSRP1-201ENST00000340006 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CUX1P39880 CCDC169-SOHLH2-201ENST00000511166 2051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CUX1P39880 AHCYP4-201ENST00000419201 1315 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
CUX1P39880 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CUX1P39880 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CUX1P39880 DRC3-202ENST00000399182 1923 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CUX1P39880 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CUX1P39880 CNOT8-201ENST00000285896 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CUX1P39880 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CUX1P39880 MIR1227-201ENST00000408484 88 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
CUX1P39880 TRPM2-AS-201ENST00000423310 586 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CUX1P39880 LINC00211-203ENST00000446799 662 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CUX1P39880 AC010234.1-201ENST00000494599 870 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
CUX1P39880 AC114947.1-202ENST00000514136 344 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
CUX1P39880 LINC02417-201ENST00000542449 515 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CUX1P39880 AC092139.2-201ENST00000563750 754 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CUX1P39880 AP001184.1-201ENST00000637936 376 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
CUX1P39880 PCNA-202ENST00000379160 1359 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CUX1P39880 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CUX1P39880 THUMPD3-210ENST00000515662 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CUX1P39880 IQCA1L-203ENST00000615129 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CUX1P39880 TOB1-202ENST00000499247 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CUX1P39880 SALL4-203ENST00000395997 1918 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CUX1P39880 ENDOU-203ENST00000545824 1513 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CUX1P39880 SLC9A1-203ENST00000374086 2183 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CUX1P39880 CYB5R3-205ENST00000407623 2153 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CUX1P39880 SLC22A3-201ENST00000275300 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CUX1P39880 IL1RAP-209ENST00000422940 1957 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CUX1P39880 PCED1B-201ENST00000432328 1862 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CUX1P39880 ANKRD42-208ENST00000531895 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CUX1P39880 AAMP-202ENST00000420660 1761 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CUX1P39880 CD1E-206ENST00000368161 1689 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CUX1P39880 EDNRB-204ENST00000626030 1571 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CUX1P39880 PLAC8L1-201ENST00000311450 638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CUX1P39880 BGLAP-201ENST00000368272 732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CUX1P39880 AC092265.1-201ENST00000422638 498 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CUX1P39880 AC105254.1-201ENST00000507782 621 ntTSL 4 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CUX1P39880 AC011500.3-201ENST00000594676 647 ntTSL 4 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CUX1P39880 SPG11-215ENST00000559193 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CUX1P39880 FLAD1-205ENST00000368431 1803 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CUX1P39880 FGF7P3-202ENST00000640245 1707 ntTSL 4 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CUX1P39880 AP003680.1-201ENST00000598970 3660 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
CUX1P39880 SMPDL3B-201ENST00000373888 1548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CUX1P39880 POC1B-202ENST00000393179 3096 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CUX1P39880 FRMD5-209ENST00000484674 2319 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.56
CUX1P39880 CCDC144A-202ENST00000340621 2214 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.56
CUX1P39880 TOMM22-201ENST00000216034 2040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
CUX1P39880 ARHGEF3-212ENST00000495373 2024 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
CUX1P39880 C12orf76-209ENST00000615315 1580 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
CUX1P39880 PIGL-201ENST00000225609 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CUX1P39880 CRIP1-202ENST00000392531 485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CUX1P39880 SETD7-203ENST00000406354 1127 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CUX1P39880 ZAP70-202ENST00000451498 1085 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CUX1P39880 BUD31-205ENST00000456893 512 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CUX1P39880 PAGE3-202ENST00000519203 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CUX1P39880 AP000911.2-201ENST00000534330 502 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
CUX1P39880 AC025154.2-202ENST00000552379 592 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CUX1P39880 NUDT4P2-201ENST00000578341 546 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
CUX1P39880 TMIGD2-204ENST00000600349 333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CUX1P39880 CCND3-201ENST00000372987 2233 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CUX1P39880 CAMK2D-211ENST00000511664 2210 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CUX1P39880 HLA-DQB1-202ENST00000399079 1501 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
CUX1P39880 B3GNTL1-211ENST00000576599 1787 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CUX1P39880 OGFOD1-209ENST00000568397 1681 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CUX1P39880 PTPN5-201ENST00000358540 3135 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CUX1P39880 AP000552.1-203ENST00000416615 1930 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CUX1P39880 DUS2-207ENST00000565263 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CUX1P39880 ZBTB47-202ENST00000505904 2456 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CUX1P39880 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CUX1P39880 ZNF707-223ENST00000532205 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CUX1P39880 ZCCHC13-201ENST00000339534 842 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CUX1P39880 PSMA1-202ENST00000418988 1266 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CUX1P39880 MT3-203ENST00000565838 421 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CUX1P39880 SRSF3-208ENST00000620941 869 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CUX1P39880 AC023024.2-201ENST00000623561 1993 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
CUX1P39880 TCP10L2-202ENST00000366832 2185 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CUX1P39880 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CUX1P39880 FAM168A-204ENST00000450446 1364 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CUX1P39880 PDE12-202ENST00000487257 3040 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CUX1P39880 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CUX1P39880 ISLR-201ENST00000249842 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CUX1P39880 SLC18A1-207ENST00000519026 1980 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CUX1P39880 AL354714.1-201ENST00000356006 2136 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CUX1P39880 LINC01868-201ENST00000414965 562 ntTSL 4 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CUX1P39880 CALD1-206ENST00000424922 2124 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CUX1P39880 AL512306.1-201ENST00000432698 848 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
CUX1P39880 PTGES3-203ENST00000436399 941 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CUX1P39880 AC012379.2-201ENST00000560237 765 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CUX1P39880 DCTPP1-202ENST00000565758 749 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.6 ms