Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 ZSCAN32-215ENST00000618425 2788 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 STXBP6-201ENST00000323944 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 PSMC3-201ENST00000298852 1544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 MCM7-202ENST00000343023 1968 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 ANKHD1-EIF4EBP3-203ENST00000532219 8246 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 PTGES3L-AARSD1-204ENST00000421990 2150 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 AC026688.2-201ENST00000518984 1734 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 TEAD3-202ENST00000402886 2729 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 LST1-202ENST00000303757 604 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 DBNDD2-205ENST00000372717 1207 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 MRNIP-202ENST00000376931 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 ASMT-201ENST00000381229 1087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 IQCF3-201ENST00000437810 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 AC244107.1-201ENST00000442033 332 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 CRB3P1-201ENST00000449338 276 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 TAGLN-206ENST00000530649 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 PTHLH-206ENST00000538310 854 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 LITAF-210ENST00000571976 548 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 LITAF-214ENST00000574703 486 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 AL365330.1-201ENST00000607459 531 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 MRPS17-201ENST00000285298 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 TAF8-203ENST00000372982 1805 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 MYH11-201ENST00000300036 6029 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 C9orf139-202ENST00000623196 4990 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 ANKRD2-203ENST00000370655 1451 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 SGK1-205ENST00000413996 2686 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 RAF1-201ENST00000251849 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 EPB41L3-201ENST00000341928 4706 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 TOB1-202ENST00000499247 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 PXDNL-201ENST00000356297 4805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 CFLAR-214ENST00000443227 1679 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 MICAL3-206ENST00000441493 9445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 IQCA1L-203ENST00000615129 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 CHD4-201ENST00000357008 6496 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 SMARCA4-214ENST00000589677 5181 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 TPRX1-202ENST00000535759 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 SV2A-201ENST00000369145 2903 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 HSD17B7P2-202ENST00000494540 1401 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 CAVIN1-201ENST00000357037 3828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 MAMSTR-201ENST00000318083 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 DRC3-203ENST00000399187 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 TAF15-205ENST00000603777 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 TCOF1-201ENST00000323668 4832 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 AL359183.1-201ENST00000623796 2132 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 SIN3B-202ENST00000379803 5129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 LRRC41-201ENST00000343304 2947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 CD8A-203ENST00000409511 3048 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 DDN-201ENST00000421952 3749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 MB-201ENST00000359787 1170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 LCE3E-201ENST00000368789 611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 FAM159B-201ENST00000389074 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 MB-202ENST00000397326 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 MB-203ENST00000397328 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 PIN1P1-201ENST00000412108 996 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 AC008443.3-201ENST00000412295 549 ntTSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 MTND6P24-201ENST00000440466 518 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 RBAKDN-201ENST00000498308 514 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 RNA5SP410-201ENST00000516285 106 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 MAX-210ENST00000555419 765 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 RAB34-223ENST00000636154 730 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 FAHD2B-202ENST00000414820 1388 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 TDG-209ENST00000544861 1387 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 LAT-202ENST00000360872 1459 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 APOLD1-201ENST00000326765 4724 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 TAF11-201ENST00000361288 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 CEACAM16-201ENST00000405314 1583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 FAM160B1-202ENST00000369248 5810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 SF3B4-201ENST00000271628 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 CETN4P-206ENST00000642099 2168 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 TRMT1-217ENST00000592062 2579 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 TMBIM4-202ENST00000358230 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 NATD1-201ENST00000611551 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 MAP3K11-208ENST00000530153 2830 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 POLR2E-213ENST00000615234 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 UMODL1-AS1-201ENST00000329015 2141 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 DLX4-201ENST00000240306 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 CACNA1I-203ENST00000404898 9892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 PITPNM1-216ENST00000534749 4189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 ARRDC4-201ENST00000268042 4072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 LMX1B-204ENST00000561065 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 MKRN3-203ENST00000568252 1312 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 UNC13B-201ENST00000378495 6303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 AMMECR1-203ENST00000372059 3052 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 ADAM15-202ENST00000355956 2877 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 ITGB2-206ENST00000397852 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 THOC5-203ENST00000397872 2676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 CRACR2A-201ENST00000252322 2186 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 ARMC5-205ENST00000563544 3549 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 SYT9-201ENST00000318881 3955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 LMNA-203ENST00000368297 1679 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 IARS2-201ENST00000366922 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 PRKN-204ENST00000366896 2514 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 GSTO2-203ENST00000450629 1391 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 BCL2L2-PABPN1-203ENST00000557008 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 CUL1-201ENST00000325222 3064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PTPN4P29074 NME3-201ENST00000219302 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.5 ms