Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 CAMSAP3-202ENST00000446248 4179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 ATP5F1-202ENST00000369722 3156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 TMPRSS6-204ENST00000406856 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 DTX3-202ENST00000548198 3199 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 MALSU1-202ENST00000466681 3044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 TNKS1BP1-207ENST00000532437 5952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 RPS5-201ENST00000196551 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 LHB-201ENST00000221421 514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 POLR2J-201ENST00000292614 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 MRPL58-201ENST00000301585 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 CIDEA-201ENST00000320477 828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 POP5-202ENST00000357500 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 ATP1A1-AS1-202ENST00000369492 1011 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 RASL12-203ENST00000434605 982 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 AC004890.2-204ENST00000481968 304 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 AC021491.2-201ENST00000513017 607 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 AC090825.1-203ENST00000558188 582 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 AC027243.1-201ENST00000559539 758 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 SHBG-212ENST00000575314 1146 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 PRR29-204ENST00000577953 565 ntTSL 4 BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 AL390754.1-201ENST00000619088 582 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 LINC01002-214ENST00000632102 561 ntTSL 4 BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 BTBD10-208ENST00000528120 1662 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 ETNPPL-201ENST00000296486 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 COL18A1-203ENST00000359759 6586 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 FYN-202ENST00000354650 3628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 AP001627.1-201ENST00000437426 1754 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 TC2N-206ENST00000556018 1770 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 FSIP1-201ENST00000350221 2805 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 GPR137C-201ENST00000321662 3888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 IL9R-202ENST00000369423 2032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 PELP1-208ENST00000572293 5272 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 FOXJ2-201ENST00000162391 5523 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 BDKRB2-201ENST00000539359 1600 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 SEMA5B-201ENST00000195173 4523 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 GAS2L3-201ENST00000266754 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 ELAC1-201ENST00000269466 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 PIDD1-201ENST00000347755 2998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 KLK8-211ENST00000600767 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 PRPF38B-202ENST00000370022 1591 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 WAPL-202ENST00000298767 6333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 SHISA6-202ENST00000409168 7262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 VAC14-202ENST00000536184 2161 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 RIF1-204ENST00000430328 7992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 ATP2A3-202ENST00000352011 3274 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 XK-201ENST00000378616 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 ZC2HC1C-202ENST00000439583 1509 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 HNRNPUL1-201ENST00000263367 2952 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 DIRC3-201ENST00000423123 552 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 AC004066.1-201ENST00000502488 802 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 RCHY1-210ENST00000513257 759 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 TMEM63A-209ENST00000537914 1018 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 RNASEH1-201ENST00000315212 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 FBN2-205ENST00000508989 4987 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 CPSF7-205ENST00000439958 3524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 PAX8-AS1-204ENST00000436293 2687 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 ANKFY1-202ENST00000570535 6458 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 AC104758.3-201ENST00000563349 1453 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 RDM1-227ENST00000619876 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 ABCB9-216ENST00000542678 6051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 AL391244.1-206ENST00000447725 1843 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 SLC26A11-201ENST00000361193 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 FXN-201ENST00000377270 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 SLC13A5-203ENST00000433363 3435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 RFC5-204ENST00000454402 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 CNOT10-201ENST00000328834 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 NACC1-201ENST00000292431 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 SPATA16-201ENST00000351008 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 DRD5P1-201ENST00000456605 1438 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 UBE2D1-201ENST00000373910 2659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 ALG1-204ENST00000588623 2671 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 KRBOX4-202ENST00000344302 2774 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 GNB2-202ENST00000393924 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 ADAM15-204ENST00000359280 2874 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 ZNF713-202ENST00000429591 4339 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 RPS9-205ENST00000402367 1617 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 ATG4B-206ENST00000405546 3294 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 WLS-203ENST00000370971 700 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 AL161638.1-201ENST00000420354 481 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 HLA-K-203ENST00000430151 1046 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 AC008278.1-201ENST00000431117 568 ntTSL 4 BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 AL158198.1-201ENST00000449143 380 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 MSC-AS1-206ENST00000519751 596 ntTSL 4 BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 AC135586.1-201ENST00000539323 574 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 AJ003147.2-201ENST00000576468 629 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 AL390955.2-201ENST00000603032 514 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 AC243829.4-204ENST00000616926 1115 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 MAPT-201ENST00000262410 6762 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 SPATS1-201ENST00000288390 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 FAM174A-201ENST00000312637 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 UBA1-201ENST00000335972 3559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 KRT9-202ENST00000588431 1493 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 ARID4B-202ENST00000349213 5811 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 ADAM15-201ENST00000271836 2799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 VIPAS39-202ENST00000343765 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 NSUN5P1-204ENST00000428392 1562 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
USP28Q96RU2 CEP104-202ENST00000378230 6424 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.8 ms