Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 HM13-201ENST00000335574 1809 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
LIG1P18858 GFOD2-203ENST00000602377 1991 ntTSL 4 BASIC17.69■□□□□ 0.42
LIG1P18858 AC018529.2-202ENST00000611482 3087 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
LIG1P18858 PSMC3-213ENST00000619920 1580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
LIG1P18858 HNF4G-201ENST00000354370 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
LIG1P18858 IRF2BP2-202ENST00000366610 4615 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
LIG1P18858 RCSD1-202ENST00000367854 3135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
LIG1P18858 TAF5-201ENST00000369839 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
LIG1P18858 STAT5B-201ENST00000293328 5103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
LIG1P18858 ABR-228ENST00000574437 3196 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
LIG1P18858 CRTC2-202ENST00000368630 1635 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
LIG1P18858 JRK-209ENST00000612905 9124 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
LIG1P18858 PITPNM2-202ENST00000320201 6736 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
LIG1P18858 PRSS54-204ENST00000567164 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 LINC01010-201ENST00000431422 2069 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 INTS4P1-203ENST00000641008 3683 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 DDX49-201ENST00000247003 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 ZNF586-202ENST00000396150 1977 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 IQCE-203ENST00000402050 6844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 LINC02395-201ENST00000546821 3157 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 SPON1-201ENST00000576479 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 TOX3-201ENST00000219746 3233 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 TIMP2-201ENST00000262768 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 VGLL2-202ENST00000352536 1709 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 DTD2-202ENST00000356180 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 FDPS-202ENST00000368356 1431 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 RBM33-205ENST00000392759 1580 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 CENPM-206ENST00000407253 818 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 SPDYE17-201ENST00000412399 783 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 GHSR-202ENST00000427970 912 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 TMEM161B-AS1-202ENST00000501715 1101 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 AC137894.1-201ENST00000526431 547 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 AC005840.4-201ENST00000541242 2494 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 TOMM5-205ENST00000544379 635 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 MIR4745-201ENST00000577608 62 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 PRR29-209ENST00000582540 967 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 CCDC68-204ENST00000591504 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 DPP9-210ENST00000597849 2025 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 SPN-201ENST00000360121 6894 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 APCDD1L-201ENST00000371149 3426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 ATG4B-206ENST00000405546 3294 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 DEGS2-201ENST00000305631 4352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 VARS2-201ENST00000321897 4073 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 HMGA2-210ENST00000541363 8094 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 ANKRD35-201ENST00000355594 3342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 KCNT1-208ENST00000488444 3696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 PLEKHA4-201ENST00000263265 3088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 APPL1-201ENST00000288266 6058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 FAM153B-220ENST00000515817 1966 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 NEK11-205ENST00000507910 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 TFE3-201ENST00000315869 3415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 CPEB2-205ENST00000442003 6797 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIG1P18858 PER1-201ENST00000317276 4707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 BPIFB2-201ENST00000170150 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 YPEL1-201ENST00000339468 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 GRM5-205ENST00000455756 7927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 GRK6P1-201ENST00000400595 1711 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 SLC9A7P1-202ENST00000556476 2239 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 UBTF-204ENST00000436088 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 E2F3-201ENST00000346618 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 GFY-202ENST00000610896 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 ABLIM3-206ENST00000506113 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 PLXDC1-201ENST00000315392 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 GSPT1-202ENST00000434724 7105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 RAD51D-203ENST00000394589 2287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 CAVIN1-201ENST00000357037 3828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 WFDC3-204ENST00000372632 704 ntTSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 RBM3-202ENST00000376755 1130 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 RCAN3-204ENST00000425530 997 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 LYPLAL1-AS1-201ENST00000441331 724 ntTSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 LINC01160-202ENST00000450155 894 ntTSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 NDUFAF2-203ENST00000511107 586 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 STOM-203ENST00000538954 1257 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 TGIF2-C20orf24-201ENST00000558530 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 GABARAP-205ENST00000573928 476 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 PTPRS-208ENST00000590509 893 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 AL136531.2-202ENST00000617804 573 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 TRIM3-215ENST00000639856 2137 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 KATNA1-203ENST00000367411 1984 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 AC004706.4-201ENST00000634965 3537 ntAPPRIS P1 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 ARHGAP4-203ENST00000370028 3372 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 FBXO22-202ENST00000453211 1486 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 PNPLA5-201ENST00000216177 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 YME1L1-202ENST00000375972 2517 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 ZNF785-202ENST00000470110 2867 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 NYAP1-201ENST00000300179 3581 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 MCL1-202ENST00000369026 3932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 DNAJA1-201ENST00000330899 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 SIGLEC5-201ENST00000534261 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 ZDHHC11B-204ENST00000622126 1301 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 PAX6-202ENST00000379107 2579 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 LRRN1-201ENST00000319331 3823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 TBX10-201ENST00000335385 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 ANKLE2-210ENST00000542657 2446 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIG1P18858 TPM3-208ENST00000341485 2063 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms