Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.84
CCDC39Q9UFE4 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
CCDC39Q9UFE4 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms