Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY12

SCAPER, S phase cyclin A-associated protein in the endoplasmic reticulum, humanhuman

Predictions only

Length 1,400 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCAPERQ9BY12 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
SCAPERQ9BY12 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
SCAPERQ9BY12 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
SCAPERQ9BY12 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC35.33■■■■□ 3.25
SCAPERQ9BY12 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC35.33■■■■□ 3.25
SCAPERQ9BY12 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC35.33■■■■□ 3.25
SCAPERQ9BY12 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC35.33■■■■□ 3.25
SCAPERQ9BY12 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC35.33■■■■□ 3.25
SCAPERQ9BY12 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC35.33■■■■□ 3.25
SCAPERQ9BY12 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.33■■■■□ 3.25
SCAPERQ9BY12 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC35.33■■■■□ 3.25
SCAPERQ9BY12 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.33■■■■□ 3.25
SCAPERQ9BY12 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.25
SCAPERQ9BY12 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC35.32■■■■□ 3.25
SCAPERQ9BY12 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.25
SCAPERQ9BY12 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.32■■■■□ 3.25
SCAPERQ9BY12 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.25
SCAPERQ9BY12 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC35.32■■■■□ 3.25
SCAPERQ9BY12 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC35.32■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.32■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.31■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC35.31■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC35.3■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.3■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC35.3■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC35.3■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC35.29■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC35.29■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC35.28■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC35.27■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC35.27■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC35.27■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.26■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.26■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC35.26■■■■□ 3.24
SCAPERQ9BY12 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC35.26■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC35.25■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC35.25■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC35.25■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC35.25■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC35.25■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC35.25■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.25■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC35.24■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC35.23■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC35.23■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC35.23■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC35.23■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC35.23■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC35.23■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC35.23■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC35.23■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC35.22■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.21■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.21■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC35.21■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC35.21■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC35.2■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC35.2■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC35.2■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC35.2■■■■□ 3.23
SCAPERQ9BY12 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.22
SCAPERQ9BY12 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.2■■■■□ 3.22
SCAPERQ9BY12 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
SCAPERQ9BY12 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC35.19■■■■□ 3.22
SCAPERQ9BY12 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC35.19■■■■□ 3.22
SCAPERQ9BY12 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC35.19■■■■□ 3.22
SCAPERQ9BY12 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC35.19■■■■□ 3.22
SCAPERQ9BY12 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC35.19■■■■□ 3.22
SCAPERQ9BY12 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC35.19■■■■□ 3.22
SCAPERQ9BY12 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC35.18■■■■□ 3.22
SCAPERQ9BY12 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC35.18■■■■□ 3.22
SCAPERQ9BY12 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
SCAPERQ9BY12 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
SCAPERQ9BY12 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC35.18■■■■□ 3.22
SCAPERQ9BY12 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
SCAPERQ9BY12 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
SCAPERQ9BY12 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC35.17■■■■□ 3.22
SCAPERQ9BY12 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
SCAPERQ9BY12 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
SCAPERQ9BY12 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC35.16■■■■□ 3.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms