Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC19.83■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC19.83■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC19.8■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC19.8■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC19.78■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC19.78■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC19.78■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.77■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC19.77■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC19.77■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC19.77■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC19.77■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC19.77■□□□□ 0.76
CHD3Q12873 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC19.77■□□□□ 0.76
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