Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSX2P35548 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSX2P35548 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
MSX2P35548 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
MSX2P35548 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
MSX2P35548 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
MSX2P35548 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
MSX2P35548 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
MSX2P35548 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
MSX2P35548 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
MSX2P35548 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
MSX2P35548 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
MSX2P35548 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
MSX2P35548 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
MSX2P35548 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
MSX2P35548 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
MSX2P35548 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
MSX2P35548 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
MSX2P35548 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSX2P35548 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSX2P35548 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSX2P35548 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSX2P35548 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSX2P35548 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSX2P35548 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSX2P35548 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSX2P35548 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSX2P35548 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSX2P35548 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSX2P35548 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSX2P35548 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSX2P35548 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSX2P35548 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSX2P35548 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSX2P35548 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSX2P35548 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSX2P35548 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSX2P35548 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSX2P35548 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSX2P35548 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSX2P35548 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSX2P35548 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSX2P35548 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSX2P35548 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSX2P35548 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSX2P35548 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSX2P35548 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSX2P35548 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSX2P35548 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSX2P35548 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSX2P35548 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSX2P35548 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSX2P35548 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSX2P35548 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSX2P35548 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.11
MSX2P35548 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
MSX2P35548 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
MSX2P35548 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
MSX2P35548 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
MSX2P35548 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
MSX2P35548 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
MSX2P35548 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
MSX2P35548 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC21.94■■□□□ 1.1
MSX2P35548 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
MSX2P35548 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
MSX2P35548 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
MSX2P35548 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
MSX2P35548 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
MSX2P35548 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
MSX2P35548 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
MSX2P35548 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
MSX2P35548 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC21.93■■□□□ 1.1
MSX2P35548 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
MSX2P35548 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
MSX2P35548 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
MSX2P35548 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
MSX2P35548 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
MSX2P35548 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
MSX2P35548 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
MSX2P35548 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSX2P35548 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSX2P35548 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSX2P35548 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSX2P35548 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSX2P35548 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSX2P35548 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSX2P35548 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSX2P35548 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSX2P35548 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSX2P35548 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
MSX2P35548 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
MSX2P35548 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
MSX2P35548 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
MSX2P35548 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
MSX2P35548 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
MSX2P35548 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
MSX2P35548 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
MSX2P35548 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
MSX2P35548 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
MSX2P35548 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.9 ms