Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
SMARCA1P28370 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC26.7■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC26.68■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC26.64■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC26.64■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC26.64■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
SMARCA1P28370 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.8 ms