Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
LIG1P18858 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIG1P18858 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIG1P18858 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIG1P18858 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIG1P18858 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIG1P18858 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIG1P18858 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIG1P18858 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIG1P18858 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIG1P18858 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIG1P18858 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIG1P18858 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIG1P18858 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIG1P18858 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIG1P18858 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIG1P18858 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIG1P18858 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIG1P18858 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIG1P18858 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIG1P18858 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIG1P18858 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
LIG1P18858 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIG1P18858 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIG1P18858 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIG1P18858 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIG1P18858 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIG1P18858 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIG1P18858 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIG1P18858 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIG1P18858 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIG1P18858 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIG1P18858 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
LIG1P18858 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
LIG1P18858 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
LIG1P18858 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
LIG1P18858 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.84
LIG1P18858 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIG1P18858 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIG1P18858 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIG1P18858 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
LIG1P18858 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIG1P18858 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
LIG1P18858 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIG1P18858 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
LIG1P18858 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
LIG1P18858 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
LIG1P18858 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
LIG1P18858 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
LIG1P18858 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIG1P18858 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIG1P18858 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIG1P18858 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIG1P18858 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIG1P18858 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIG1P18858 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIG1P18858 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIG1P18858 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIG1P18858 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIG1P18858 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIG1P18858 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIG1P18858 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC26.48■■□□□ 1.83
LIG1P18858 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
LIG1P18858 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
LIG1P18858 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
LIG1P18858 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
LIG1P18858 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
LIG1P18858 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
LIG1P18858 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
LIG1P18858 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
LIG1P18858 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
LIG1P18858 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
LIG1P18858 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
LIG1P18858 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
LIG1P18858 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
LIG1P18858 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
LIG1P18858 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
LIG1P18858 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
LIG1P18858 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
LIG1P18858 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
LIG1P18858 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
LIG1P18858 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
LIG1P18858 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
LIG1P18858 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC26.45■■□□□ 1.82
LIG1P18858 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
LIG1P18858 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
LIG1P18858 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIG1P18858 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIG1P18858 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIG1P18858 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIG1P18858 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIG1P18858 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIG1P18858 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIG1P18858 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
LIG1P18858 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
LIG1P18858 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
LIG1P18858 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
LIG1P18858 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
LIG1P18858 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
LIG1P18858 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.4 ms