Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL6A3P12111 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC24.64■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.8 ms