Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 KRT33A-201ENST00000007735 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 PCDHB19P-201ENST00000570871 2371 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 ONECUT1-201ENST00000305901 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 DACT3-203ENST00000410105 3085 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 GDF2-201ENST00000581492 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 PAX3-206ENST00000392070 2258 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 SKOR2-201ENST00000400404 891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 IMMP1L-202ENST00000526776 469 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 AP000920.1-201ENST00000531824 344 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 MYL6-215ENST00000549566 685 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 AC135782.2-201ENST00000562040 472 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 AC112220.4-201ENST00000604982 1263 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 BX322534.1-201ENST00000635574 241 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 AC215524.1-201ENST00000635696 241 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 HTR3D-201ENST00000334128 1459 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 SLC39A13-201ENST00000354884 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 CHRNA7-217ENST00000636603 2012 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 AL008638.4-201ENST00000624792 1315 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 ZDHHC6-201ENST00000369404 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 TNNT1-202ENST00000356783 934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 PIFO-201ENST00000369737 746 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 TMEM216-202ENST00000398979 908 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 TSTD1-206ENST00000466967 477 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 TPST2P1-201ENST00000564073 1102 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 SRD5A3-AS1-203ENST00000591915 709 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 PLXDC2-202ENST00000377242 2822 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 AIFM3-202ENST00000399167 2387 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 SLFNL1-201ENST00000302946 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 WASH3P-207ENST00000560956 1394 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 HSD17B6-207ENST00000555805 1722 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 GK-204ENST00000378945 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 OAS1-202ENST00000445409 1684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 SMIM25-203ENST00000425497 2010 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 OR6S1-201ENST00000320704 996 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 TNNT2-207ENST00000367322 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 SLC22A11-203ENST00000377585 2124 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 Metazoa_SRP.9-201ENST00000415635 283 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 TAC3-209ENST00000458521 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 MLF1-206ENST00000471745 1266 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 IGHV1-12-201ENST00000518307 205 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 AP003040.1-201ENST00000532044 1024 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 SMIM24-203ENST00000587847 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 TAC3-211ENST00000615887 1120 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 HNRNPR-212ENST00000606561 1837 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 TMEM51-204ENST00000428417 1942 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 KRTAP6-1-201ENST00000329122 500 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 LIMS1-201ENST00000332345 1235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 PRDX2-202ENST00000334482 784 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 KRT18P44-201ENST00000416086 1285 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 FGFR2-215ENST00000457416 3061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 ALG1L15P-201ENST00000482834 794 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 AL691482.3-201ENST00000504773 987 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 CDC23-208ENST00000505120 455 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 AC011383.1-201ENST00000517474 617 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 WDYHV1-206ENST00000523356 869 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 TMEM123-208ENST00000532161 743 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 CSH2-207ENST00000613718 666 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 Metazoa_SRP.156-201ENST00000622344 262 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 FLII-221ENST00000578558 2377 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 AC105020.1-201ENST00000435356 2205 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 NCBP2-206ENST00000447325 2216 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 NDRG2-209ENST00000397853 2079 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 PAX6-276ENST00000640684 1557 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 VAC14-201ENST00000261776 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 PTGR1-205ENST00000407693 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 MAL-202ENST00000349807 705 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 CSTF3-202ENST00000431742 715 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 BX276092.5-201ENST00000439926 886 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 TMEM14B-208ENST00000467317 1224 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 ISL1-203ENST00000511384 981 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 AC003688.2-201ENST00000576271 415 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 CSAG3-201ENST00000599845 844 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 PAX6-237ENST00000638696 1203 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 CSAG2-203ENST00000638741 844 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 PAX6-238ENST00000638755 1161 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 AC005915.1-201ENST00000624912 2018 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 TRMT11-202ENST00000368332 1889 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 HENMT1-202ENST00000370032 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 LHCGR-202ENST00000401907 1477 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 LINC01029-204ENST00000583106 1465 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 CALU-205ENST00000535011 3210 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 MAP4K1-201ENST00000396857 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 MDS2-201ENST00000374555 1029 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 TOMM5-203ENST00000401811 789 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 TPRKB-203ENST00000409716 816 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 AL157935.1-209ENST00000415141 1105 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.3 ms