Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 KRT90P-201ENST00000549264 1064 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 CMTM3-212ENST00000566121 572 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 NCK1-201ENST00000288986 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 SPATA21-201ENST00000335496 2015 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 TNXB-208ENST00000611016 6083 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 MBNL1-202ENST00000282488 6458 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 TMC6-216ENST00000590602 5268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 AC126177.1-201ENST00000547829 2218 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 AC068418.2-201ENST00000577309 3703 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 NR4A1-204ENST00000394825 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 STEAP3-202ENST00000393107 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 AHDC1-201ENST00000247087 6334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 SLC35C2-202ENST00000317734 2175 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 AMBP-201ENST00000265132 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 FSD2-202ENST00000541889 2356 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 PRR19-201ENST00000341747 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 WIZ-206ENST00000599686 3644 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 GABARAP-201ENST00000302386 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 AMT-224ENST00000635808 1610 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 CTSA-202ENST00000354880 1820 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 RAD51-201ENST00000267868 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 FOLH1-201ENST00000256999 2635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 SPATA20-202ENST00000356488 2634 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 UBE2D1-204ENST00000615793 2621 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 RPL39L-201ENST00000296277 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 FAM86MP-201ENST00000340703 885 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 GZMB-202ENST00000382540 816 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 PEMT-203ENST00000395782 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 LIMS3-201ENST00000437679 1220 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 FAM162A-202ENST00000469967 1015 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 POLR2F-208ENST00000470701 584 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 AL163974.1-201ENST00000554540 466 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 AC233723.1-201ENST00000635921 386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 DOK3-203ENST00000377112 1884 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 NUDT16-203ENST00000537561 5943 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 TLDC2-201ENST00000217320 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 CCDC144B-202ENST00000445752 2197 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 TBC1D22A-205ENST00000406733 2267 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 ASNS-201ENST00000175506 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 SLC1A7-204ENST00000611397 2499 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 MARK3-204ENST00000416682 2969 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 EPS8L2-231ENST00000614442 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 SYT1-201ENST00000261205 4808 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 CNKSR1-202ENST00000374253 2538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 LAP3-211ENST00000618908 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 MRPL49-201ENST00000279242 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 TAP2-205ENST00000620123 5676 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 WRAP53-210ENST00000534050 1736 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 FBN2-205ENST00000508989 4987 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 NME7-201ENST00000367811 1642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 DYNC1LI2-203ENST00000443351 1502 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 TNXB-209ENST00000613214 6842 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 PRMT2-202ENST00000334494 1334 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 CNGB1-201ENST00000251102 5641 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 TMEM263-201ENST00000280756 3362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 MAPK13-203ENST00000373766 6196 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 ZNF114-204ENST00000595607 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 NPAS2-201ENST00000335681 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 TNR-201ENST00000263525 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 CD5L-201ENST00000368174 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 TOM1L1-201ENST00000348161 1895 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 PRRG1-203ENST00000463135 1663 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 CLCN7-202ENST00000382745 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 TRIM13-204ENST00000420995 2607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 RBCK1-201ENST00000353660 2511 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 RFPL2-203ENST00000400237 2407 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 TPD52L2-205ENST00000352482 2339 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 TPD52L2-210ENST00000615907 2310 ntTSL 4 BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 PGBD2-201ENST00000329291 2136 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 SPAG11B-203ENST00000359758 612 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 RNU1-114P-201ENST00000365297 166 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 CYB5R3-203ENST00000402438 1050 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 TMEM210-201ENST00000413619 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 Z94721.1-201ENST00000444102 385 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 ARHGEF26-AS1-201ENST00000467912 628 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 HOXC-AS3-201ENST00000509870 544 ntTSL 4 BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 AC012640.1-201ENST00000509915 688 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 STMN4-207ENST00000523048 1224 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 RPL8-205ENST00000527914 551 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 VASH1-AS1-201ENST00000554058 871 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 IFI27L1-210ENST00000556381 804 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 ANAPC11-216ENST00000579133 563 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 MIR4538-201ENST00000581377 78 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 AC145423.3-201ENST00000615987 467 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 NOS1AP-205ENST00000493151 5559 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 CCHCR1-202ENST00000396263 2490 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 PTPN5-201ENST00000358540 3135 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 TCF25-202ENST00000263347 2377 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 DNAJC16-201ENST00000375838 2357 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 PPFIBP2-201ENST00000299492 3557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 LINC01270-201ENST00000371639 2281 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 KAT8-201ENST00000219797 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 P2RX5-TAX1BP3-201ENST00000550383 5905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 TRIM46-211ENST00000611379 3082 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 SLC12A5-209ENST00000616201 2955 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 AC019205.2-202ENST00000441363 2403 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 ZXDC-202ENST00000389709 3405 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 PXN-201ENST00000228307 3785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 XK-201ENST00000378616 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 LAP3-201ENST00000226299 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.7 ms