Protein–RNA interactions for Protein: P49959

MRE11, Double-strand break repair protein MRE11, humanhuman

Predictions only

Length 708 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MRE11P49959 CCP110-201ENST00000381396 5446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
MRE11P49959 STAU2-219ENST00000522509 2173 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
MRE11P49959 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
MRE11P49959 MTHFR-210ENST00000641407 2387 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
MRE11P49959 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
MRE11P49959 FCHSD2-204ENST00000409418 3154 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
MRE11P49959 EML4-201ENST00000318522 5549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
MRE11P49959 HIST1H2AG-201ENST00000359193 2250 ntAPPRIS P1 BASIC18.05■□□□□ 0.48
MRE11P49959 NEK11-205ENST00000507910 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
MRE11P49959 DLX4-201ENST00000240306 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
MRE11P49959 RAI2-204ENST00000451717 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 ARFGAP1-202ENST00000370275 3467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 ZCCHC7-209ENST00000534928 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 PBXIP1-202ENST00000368463 3212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 UNC5A-201ENST00000329542 3812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 FLII-221ENST00000578558 2377 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 GRK6-211ENST00000528793 2571 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 C8orf46-215ENST00000522977 1347 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 PROM2-203ENST00000403131 2922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 CDCA2-201ENST00000330560 3731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 ATP2A3-202ENST00000352011 3274 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 HERPUD1-201ENST00000300302 1862 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 RAPSN-203ENST00000524487 1462 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 PSMG3-201ENST00000252329 1007 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 WWOX-204ENST00000408984 1227 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 MCFD2-205ENST00000409218 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 TSPY16P-201ENST00000449843 468 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 CCDC159-201ENST00000458408 1062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 PARP8-206ENST00000503665 572 ntTSL 4 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 DAD1-205ENST00000543337 501 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 HOXD8-204ENST00000544999 1235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 LIM2-202ENST00000596399 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 CEP19-202ENST00000409690 2201 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 GDPD2-204ENST00000536730 2171 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 TRPV6-201ENST00000359396 2928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 MSH5-201ENST00000375703 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 TMEM184B-202ENST00000361906 3611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 DYSF-201ENST00000258104 6796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 DYSF-204ENST00000409582 6790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 DYSF-210ENST00000413539 6769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 ITPRIPL1-205ENST00000536814 1947 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MRE11P49959 PRKD1-202ENST00000415220 3189 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 NRAS-201ENST00000369535 4449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 SHISA5-210ENST00000444115 2081 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 FECH-201ENST00000262093 3853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 HBP1-212ENST00000485846 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 DPP9-210ENST00000597849 2025 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 PDHX-201ENST00000227868 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 ZNF655-201ENST00000252713 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 GPR84-201ENST00000267015 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 SHISA6-203ENST00000432116 7518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 ACE3P-201ENST00000423435 1973 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 RAP1GAP2-209ENST00000637138 3175 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 CUX1-214ENST00000550008 4350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 ZNF683-201ENST00000349618 1610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 PTPRG-AS1-205ENST00000475371 733 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 COX11-202ENST00000571584 1108 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 FAM66A-202ENST00000602658 546 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 RIC1-201ENST00000251879 4127 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 BCAR1-205ENST00000420641 2725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 UBL7-209ENST00000567435 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 PDHX-203ENST00000448838 2653 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 MRVI1-204ENST00000527509 2686 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 AL139398.1-201ENST00000638795 1529 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 TMEM209-202ENST00000462753 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 LHFPL4-201ENST00000287585 4880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 RER1-207ENST00000488353 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 CFLAR-214ENST00000443227 1679 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
MRE11P49959 KCNT1-209ENST00000490355 3708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
MRE11P49959 THBS4-201ENST00000350881 3222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
MRE11P49959 FUT8-213ENST00000557164 2269 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
MRE11P49959 FGFR1-201ENST00000326324 3816 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
MRE11P49959 FGFR1-204ENST00000356207 3824 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
MRE11P49959 MROH1-207ENST00000528919 5234 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
MRE11P49959 RALGAPA1-203ENST00000389698 7864 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
MRE11P49959 UVRAG-201ENST00000356136 4123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
MRE11P49959 SEMA4B-201ENST00000332496 3781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
MRE11P49959 CYP20A1-201ENST00000356079 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
MRE11P49959 AIPL1-207ENST00000574506 2074 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
MRE11P49959 CYP4F3-202ENST00000585846 2056 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms