Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 UPB1-202ENST00000382760 1928 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 ERO1B-202ENST00000354619 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF143-213ENST00000530463 2022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 GTF2IRD1-201ENST00000265755 3430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 HDAC11-201ENST00000295757 2960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 KIAA1191-201ENST00000298569 2991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 GOLIM4-201ENST00000309027 2100 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 OR2V1-205ENST00000642036 2609 ntAPPRIS P1 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHA3-202ENST00000532566 4594 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 TNXB-208ENST00000611016 6083 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 CYP4F11-203ENST00000402119 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 ETNK1-202ENST00000335148 1083 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 SNHG11-201ENST00000359074 1031 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 PSMB8-203ENST00000395339 1025 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 CTDSP1-204ENST00000443891 1109 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 APOA1-AS-201ENST00000444200 563 ntTSL 4 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 AL359815.1-201ENST00000457706 821 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 FAU-205ENST00000527548 538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 SDR39U1-212ENST00000555365 976 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 AC092337.1-201ENST00000568699 1129 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 FSTL3-202ENST00000588773 746 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 5S_rRNA.22-201ENST00000614916 106 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 AC004461.2-201ENST00000629517 803 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 HDHD3-201ENST00000238379 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS8-201ENST00000317508 1872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 PSD4-201ENST00000245796 5188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJA4-206ENST00000446172 1399 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 WDR45-240ENST00000635003 1376 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 AC018529.2-202ENST00000611482 3087 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 NAA60-229ENST00000575076 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 KATNA1-203ENST00000367411 1984 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 AC100757.3-201ENST00000622361 1406 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 FAM53B-202ENST00000337318 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 CROT-201ENST00000331536 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 IQCA1L-203ENST00000615129 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 EIF4G1-203ENST00000350481 4990 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 SPATA7-203ENST00000393545 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 BRF1-211ENST00000547530 3358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 SLC4A9-203ENST00000506545 2838 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 PDIA4-201ENST00000286091 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 C21orf58-204ENST00000397682 2941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 SF1-209ENST00000433274 2317 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00221-201ENST00000603633 1656 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 MTHFR-210ENST00000641407 2387 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 CNGB1-201ENST00000251102 5641 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 F8-201ENST00000330287 2620 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 ADPRHL1-201ENST00000356501 1877 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 IDH2-201ENST00000330062 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 RWDD3-201ENST00000263893 1078 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00313-201ENST00000332440 579 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 AGER-204ENST00000375067 1250 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPA3P1-201ENST00000401429 1139 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 MIR1233-2-201ENST00000408138 82 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 MIR1233-1-201ENST00000408722 82 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 AC114501.2-201ENST00000439631 535 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPA3P5-201ENST00000455201 833 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 AC067863.1-201ENST00000494933 530 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 LINC02437-201ENST00000505053 911 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 RAB35-202ENST00000534951 939 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 TIMM17BP1-201ENST00000545713 516 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 RNASEK-207ENST00000552842 595 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 SAMD11P1-201ENST00000571429 661 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 AC004408.1-201ENST00000579256 573 ntTSL 4 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 LSM12-202ENST00000585388 942 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 AC010503.1-201ENST00000596027 520 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 AC004834.1-204ENST00000640670 1055 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 OTUB1-206ENST00000535715 1391 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 FAN1-207ENST00000565466 2304 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 TJP1-201ENST00000346128 7950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 GNB4-201ENST00000232564 6434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 MSC-AS1-208ENST00000522519 1537 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 SCYL1-201ENST00000270176 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 FKBP1C-201ENST00000370659 1579 ntAPPRIS P1 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 ARFIP1-204ENST00000429148 1599 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 AC007787.1-201ENST00000588095 1583 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 PATZ1-204ENST00000405309 3711 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 AMPD3-203ENST00000396554 3806 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 ADORA1-201ENST00000309502 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 DMAP1-203ENST00000372289 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 ARC-201ENST00000356613 2948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 NIN-203ENST00000382041 6496 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 N4BP1-201ENST00000262384 7106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF586-202ENST00000396150 1977 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 AC011455.3-201ENST00000599996 1967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 ADAM33-206ENST00000617732 1971 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 GFOD1-203ENST00000379287 8751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 KCNT1-211ENST00000491806 3678 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 AQP6-204ENST00000615425 2245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 MCM3AP-AS1-203ENST00000421927 2280 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 PKDREJ-201ENST00000253255 7693 ntAPPRIS P1 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD4B-201ENST00000368847 5958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 OSBP2-201ENST00000332585 4340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 DCUN1D2-201ENST00000332592 2626 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 TSEN2-205ENST00000444864 2697 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 PRDM1-203ENST00000369096 5164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 PXN-221ENST00000637617 3246 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 NEDD4-202ENST00000435532 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 AKT1S1-205ENST00000391833 3640 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.8 ms