Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

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Length 886 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 MUSTN1-201ENST00000446157 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 COMT-209ENST00000449653 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 C4orf3-202ENST00000504110 667 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 IL32-233ENST00000552664 731 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 SNHG9-202ENST00000564014 471 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AC005256.1-202ENST00000592934 415 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AL033527.5-202ENST00000641632 1098 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 LMNA-201ENST00000347559 3137 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 RNF135-202ENST00000328381 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 GTF2IRD1-203ENST00000455841 3315 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 CLEC18A-201ENST00000288040 2155 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 MBD1-209ENST00000398495 2178 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 UNC5B-202ENST00000373192 6451 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 IL17RD-201ENST00000296318 8720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 TEX13C-201ENST00000632600 5095 ntAPPRIS P1 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AC023908.3-201ENST00000564211 3047 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 IMPDH1-203ENST00000354269 2580 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 LINC00552-201ENST00000625151 2579 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 MLF1-216ENST00000618075 2116 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 C11orf16-202ENST00000525780 1685 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 DDX17-202ENST00000396821 4791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 EXOG-201ENST00000287675 2792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 DEK-201ENST00000244776 1441 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 DSEL-201ENST00000310045 9531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AC004223.3-201ENST00000593039 1638 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PKN2-201ENST00000316005 2632 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 E2F6-202ENST00000381525 3218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 ACE3P-201ENST00000423435 1973 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PCDHGB8P-201ENST00000502926 1973 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 MTRF1L-201ENST00000367230 3431 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AL139082.1-201ENST00000613982 3433 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 TBRG4-215ENST00000494076 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 KCNQ4-201ENST00000347132 4099 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 ZNF575-202ENST00000458714 2285 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 HDHD3-202ENST00000374180 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PAM16-201ENST00000318059 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 LRCOL1-201ENST00000376608 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AP006288.1-201ENST00000446065 395 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 INS-205ENST00000512523 297 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 TPT1-AS1-219ENST00000523506 574 ntTSL 4 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 COMMD4-207ENST00000562789 746 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 MOB3A-209ENST00000592280 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 RTN3-205ENST00000356000 2645 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 GTPBP1-201ENST00000216044 5126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 EIF4G1-201ENST00000342981 5667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 FBXO42-201ENST00000375592 6202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 USP36-201ENST00000312010 5234 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 ATG10-202ENST00000355178 1438 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 EPB41L3-201ENST00000341928 4706 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 CYTH3-201ENST00000350796 4505 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 CYTH3-202ENST00000396741 4508 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 IL12RB2-206ENST00000544434 3782 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 BEND5-201ENST00000371833 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 TP53I11-208ENST00000525680 2647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 ZNF485-201ENST00000361807 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 RRM1-214ENST00000534285 2075 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AC232323.1-201ENST00000540724 2099 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 REXO1L5P-201ENST00000622260 2098 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PIP5K1C-202ENST00000537021 3326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 SLC22A6-204ENST00000458333 1521 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PCDH10-203ENST00000618019 4574 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AC005622.1-202ENST00000637093 1543 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 ZNF18-201ENST00000322748 2767 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 SEC24D-202ENST00000419654 2786 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AFAP1-204ENST00000420658 7768 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 MKRN3-203ENST00000568252 1312 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
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VPS39Q96JC1 KCNJ18-201ENST00000567955 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 BTD-207ENST00000449107 1820 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 CAMK2D-207ENST00000505990 1802 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PTPN9-206ENST00000618819 7813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 SLC22A15-202ENST00000369503 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 MPPED2-202ENST00000448418 5591 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 LENG8-209ENST00000616932 2825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 RASGRF2-206ENST00000638442 2842 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AC079336.5-201ENST00000581360 2480 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 TRAK1-203ENST00000396175 5033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 CCL25-201ENST00000253451 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 C14orf178-201ENST00000355883 642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 FAM149A-202ENST00000356371 2997 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 RBM3-202ENST00000376755 1130 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AL133267.1-201ENST00000398220 340 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 RPL37AP1-201ENST00000412502 279 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 FAM8A3P-201ENST00000427218 844 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 ARMC7-205ENST00000584947 445 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 UBL5-208ENST00000593087 320 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AC011467.4-201ENST00000594891 528 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 WNT1-202ENST00000613114 1278 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 GPER1-207ENST00000619052 571 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
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