Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 UBR2-201ENST00000372899 7857 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 UBR2-202ENST00000372901 7857 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 ZSWIM8-221ENST00000604729 6075 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 PHLDB2-203ENST00000412622 5996 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 RADIL-201ENST00000399583 3689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 PITRM1-206ENST00000451104 3183 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 ASAH1-258ENST00000637790 3042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 TMEM117-207ENST00000551577 2643 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 TPD52L2-206ENST00000358548 2275 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 UBAC2-AS1-201ENST00000426037 1771 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 IDH3G-203ENST00000370093 1662 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 PTOV1-219ENST00000601638 1413 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 GID4-201ENST00000268719 4237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 MSANTD3-201ENST00000374885 786 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 NICN1-204ENST00000436744 1271 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 EEF1DP4-201ENST00000446006 880 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 RPL13AP23-201ENST00000480739 586 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 AC012640.2-201ENST00000561606 901 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 AC133550.1-201ENST00000563565 295 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 AC040963.1-202ENST00000589729 644 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 AL355974.2-201ENST00000614099 556 ntTSL 4 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 AL121832.1-201ENST00000615180 677 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 AL355974.2-202ENST00000617298 936 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 NFKB2-204ENST00000428099 3416 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 PBXIP1-202ENST00000368463 3212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 SEPT9-220ENST00000588690 2919 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 CORO7-222ENST00000574025 2826 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 GRAMD4-202ENST00000406902 4484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 OR2V1-205ENST00000642036 2609 ntAPPRIS P1 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 POLL-205ENST00000370169 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 GCLC-201ENST00000229416 3813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 TPM3-208ENST00000341485 2063 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 AL365205.1-204ENST00000359201 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 AGPAT1-201ENST00000336984 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 PNPLA5-202ENST00000381198 2000 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 ZNF586-202ENST00000396150 1977 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 ATP2A3-202ENST00000352011 3274 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 USP47-207ENST00000527733 4525 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 EBLN3P-202ENST00000625445 4520 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 CIC-207ENST00000575354 5473 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 RNF166-210ENST00000568683 1768 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 NXPH1-201ENST00000405863 2921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 FARS2-202ENST00000324331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 PRRG1-203ENST00000463135 1663 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 SH3BP5L-201ENST00000366472 3861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 STAT1-203ENST00000392323 2723 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 CD40-207ENST00000620709 1522 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 COQ8A-203ENST00000366779 5523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 KRT8P37-201ENST00000451609 1420 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 DCUN1D4-202ENST00000381441 4207 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 MYADM-203ENST00000391769 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 TMPRSS6-204ENST00000406856 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 SMTN-202ENST00000347557 3130 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 UNC5C-203ENST00000506749 2220 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 ZW10-201ENST00000200135 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 PPP1R27-201ENST00000330261 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 VN2R19P-201ENST00000442399 1052 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 C8orf46-205ENST00000480005 865 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 AC108751.1-201ENST00000490852 363 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 NAA60-217ENST00000572942 1089 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 AC073389.1-201ENST00000595595 795 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 SCUBE2-201ENST00000309263 3727 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 EPHB4-210ENST00000616502 3737 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 ZBED1-202ENST00000381222 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 AL591623.1-201ENST00000417786 1960 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 FBXL19-201ENST00000338343 3965 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 TOX3-201ENST00000219746 3233 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 CDH20-201ENST00000262717 3882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 PRICKLE1-201ENST00000345127 5902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 HTR3A-205ENST00000504030 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 NFATC4-219ENST00000555167 4364 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 EIF4G1-218ENST00000434061 5026 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 RREB1-202ENST00000349384 7440 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 THTPA-201ENST00000288014 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 C22orf34-204ENST00000414287 2197 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 HOXA3-201ENST00000317201 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 LETMD1-201ENST00000262055 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 PROSER3-202ENST00000396908 2149 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 PHKG1-210ENST00000537360 2139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 SCYL1-205ENST00000524944 2715 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 PIP5K1C-202ENST00000537021 3326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 ADCYAP1-203ENST00000579794 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC112Q8NEF3 AP002990.1-202ENST00000496634 5064 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.6 ms