Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 PCDHA5-201ENST00000529619 4157 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 PITPNM2-201ENST00000280562 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 NUTM2E-201ENST00000429984 3292 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 LRRFIP1-203ENST00000308482 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 PIH1D1-201ENST00000262265 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 METTL26-201ENST00000301686 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 AC093423.3-201ENST00000370453 654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 METTL26-205ENST00000397666 726 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 FALEC-201ENST00000416894 566 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 AC098859.1-201ENST00000502915 1238 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 AC100810.1-201ENST00000518822 978 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 IL18BP-211ENST00000531053 853 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 AC247036.6-201ENST00000632950 410 ntAPPRIS P1 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 GALNT3-201ENST00000392701 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 PUS7-202ENST00000469408 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 TJP2-208ENST00000535702 3984 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 SNX20-202ENST00000330943 2904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 KCNJ5-203ENST00000533599 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 YAP1-211ENST00000629586 1365 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 RPS6KA4-202ENST00000528057 3121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 SIX5-204ENST00000622857 1401 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 PPIL2-202ENST00000398831 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 FBLN2-203ENST00000404922 4318 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 CAMKV-204ENST00000466940 1475 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 SIGLEC8-203ENST00000430817 1528 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 CALCB-202ENST00000523376 2258 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 PLAGL1-201ENST00000354765 3663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 TCP11-206ENST00000412155 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 COL7A1-201ENST00000328333 9276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 LINC02395-201ENST00000546821 3157 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 UBXN11-205ENST00000374221 1792 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 MLXIPL-203ENST00000354613 3215 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 YME1L1-202ENST00000375972 2517 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 LAT2-205ENST00000460943 2527 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 NEK11-205ENST00000507910 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 WDR77-201ENST00000235090 2576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 COL17A1-201ENST00000353479 5734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 SLC37A4-216ENST00000538950 2032 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 HRCT1-201ENST00000354323 950 ntAPPRIS P1 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 THAP7-202ENST00000399133 1144 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 AC016876.1-201ENST00000415124 352 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 AC140658.5-201ENST00000438532 169 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 PHKG1P2-201ENST00000457537 863 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 TMEM176A-202ENST00000461345 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 CCDC74BP1-201ENST00000508880 1123 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 RAB1B-202ENST00000527397 991 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 KRTAP5-9-201ENST00000528743 1136 ntAPPRIS P1 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 NDRG2-226ENST00000554104 2146 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 AC106730.1-201ENST00000566722 1090 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 AC011467.4-201ENST00000594891 528 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 FAM215A-202ENST00000632077 792 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 LIN28B-AS1-205ENST00000637414 879 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 SUOX-201ENST00000266971 2364 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 KIF6-203ENST00000394362 2394 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 CPXM2-201ENST00000241305 3554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 UBA1-201ENST00000335972 3559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 MTX3-201ENST00000509852 1655 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 PDE8A-201ENST00000310298 3984 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 UBL7-209ENST00000567435 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 SPOCK3-202ENST00000357545 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 SCNN1D-205ENST00000379116 3044 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 SFXN3-201ENST00000224807 3089 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 NMNAT3-202ENST00000339837 1863 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 STUM-202ENST00000366789 4093 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 RIMS1-214ENST00000518273 4116 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 RSPO3-201ENST00000356698 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 IKBKB-217ENST00000520810 3086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 DTX3-202ENST00000548198 3199 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 CXCL1-201ENST00000395761 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 AL451069.2-201ENST00000428814 297 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 PLTP-204ENST00000420868 1420 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 KYAT1-202ENST00000320665 1623 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 ALMS1P1-202ENST00000450720 1601 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 TACR2-201ENST00000373306 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 AGBL3-202ENST00000435976 2495 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 CICP8-201ENST00000455800 2813 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 FAM120A-202ENST00000375389 3585 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 BAIAP3-202ENST00000397488 4583 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 KDM3A-203ENST00000409556 4928 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 EGFR-206ENST00000454757 5464 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 HIPK3-201ENST00000303296 7408 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.7 ms