Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 TPO-215ENST00000539820 1157 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 AC022903.1-201ENST00000579327 469 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 AC020914.3-201ENST00000594712 304 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 LINC01672-205ENST00000635092 633 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 SCP2-217ENST00000640998 1101 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 PYROXD2-201ENST00000370575 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 PPP1CA-201ENST00000312989 1389 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 AC009093.2-202ENST00000620513 2079 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 LINC01667-202ENST00000623919 1422 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 VASH1-201ENST00000167106 5728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 TINF2-202ENST00000399423 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 CNPY4-201ENST00000262932 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 AC011840.2-201ENST00000563063 1520 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 PSMD13-215ENST00000621534 1572 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 RAB3IP-204ENST00000378815 2386 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 KYAT1-202ENST00000320665 1623 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 EPN1-203ENST00000411543 2621 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 PGRMC2-207ENST00000520121 3785 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 SSH3-201ENST00000308127 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 KLC4-204ENST00000453940 1945 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 C3orf58-201ENST00000315691 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 AQP10-203ENST00000484864 2262 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 SSR4P1-203ENST00000599569 2260 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 GDF5-201ENST00000374369 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 THUMPD3-210ENST00000515662 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 NAGK-201ENST00000244204 1154 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 RDH5-201ENST00000257895 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 SRP14-201ENST00000267884 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 AL450469.2-201ENST00000427132 499 ntTSL 3 BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 LINC02158-201ENST00000432377 897 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 TNFRSF14-AS1-206ENST00000452793 569 ntTSL 3 BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 RDH5-204ENST00000548082 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 AC005324.6-201ENST00000587972 613 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 AC009955.4-201ENST00000597192 544 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 AL162426.1-201ENST00000624141 743 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 AC002472.3-201ENST00000640124 621 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 STYXL1-201ENST00000248600 1415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 MIF4GD-208ENST00000579297 1419 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 TMEM184C-204ENST00000508208 1528 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 NKX3-1-201ENST00000380871 3271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 SGPP1-201ENST00000247225 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 DDX19A-202ENST00000417604 1703 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 TMC7-201ENST00000304381 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 PPHLN1-201ENST00000256678 1820 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 SMARCD2-202ENST00000323347 1935 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 TFAP2A-201ENST00000319516 2035 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 FAM86B1-216ENST00000533852 2043 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 MLF1-216ENST00000618075 2116 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 ISLR-201ENST00000249842 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 GAS7-213ENST00000580865 2417 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 ABCG5-202ENST00000405322 2896 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 MYB-205ENST00000367814 3302 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 PDCD2-208ENST00000541970 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 B4GALNT4-201ENST00000329962 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 PDGFB-201ENST00000331163 3497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 SMO-201ENST00000249373 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 PLPPR2-201ENST00000251473 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 ARL8B-201ENST00000256496 3005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 SST-201ENST00000287641 618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 IMPDH1-202ENST00000348127 2479 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 DPM3-202ENST00000368399 517 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 COL9A1-204ENST00000370496 1372 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 TMEM52-203ENST00000378602 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 NQO2-202ENST00000380430 1098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 CPLX2-202ENST00000393745 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 SMARCE1-204ENST00000400122 1263 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 KRT8P29-201ENST00000420409 1371 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 TLE1P1-201ENST00000422965 589 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 ZNF568-203ENST00000427117 1827 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 AC016723.1-201ENST00000430546 633 ntTSL 3 BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 PRMT2-207ENST00000440086 1932 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 MACROD2-AS1-202ENST00000455291 663 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 MAATS1-203ENST00000463700 939 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 PARP9-204ENST00000471785 3040 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 PDHB-206ENST00000474765 1503 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 LINC02332-201ENST00000557232 386 ntTSL 3 BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 CDH16-207ENST00000568632 2526 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 SMARCE1-213ENST00000578044 1184 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 SMARCE1-216ENST00000580419 1228 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 BNIP3P13-201ENST00000599968 566 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 RPS5-209ENST00000601521 1203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 AC008825.2-201ENST00000603374 718 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 AP000229.1-202ENST00000609365 559 ntTSL 4 BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 ABHD18-206ENST00000611882 1493 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 SPIN3-224ENST00000639583 2245 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 PPP1R3E-201ENST00000452015 4773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 KIAA1586-201ENST00000370733 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 PTGDR2-201ENST00000332539 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 IFT140-203ENST00000426508 5270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 H1F0-201ENST00000340857 2344 ntAPPRIS P1 BASIC18.86■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 MYZAP-202ENST00000380565 2181 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 TBC1D17-202ENST00000535102 2025 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 TBL2-201ENST00000305632 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 YIPF3-202ENST00000372422 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
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