Protein–RNA interactions for Protein: P12110

COL6A2, Collagen alpha-2(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,019 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A2P12110 TRAF3-202ENST00000351691 2239 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 IL9R-202ENST00000369423 2032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 FLI1-207ENST00000534087 3859 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 ZNF74-209ENST00000611540 3714 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 DAB2IP-201ENST00000259371 5469 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 GRK6P1-201ENST00000400595 1711 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 PTGES3L-AARSD1-202ENST00000409103 1670 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 TUBB4B-201ENST00000340384 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 EGOT-201ENST00000414938 1464 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 PAK4-208ENST00000599386 5735 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 PKN2-201ENST00000316005 2632 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 MFRP-205ENST00000619721 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 CCL25-201ENST00000253451 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 ZNF593-201ENST00000270812 698 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 ACRV1-201ENST00000315608 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 AQP7-204ENST00000379506 1062 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 AL121753.1-201ENST00000444717 529 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 AC023141.5-201ENST00000458585 616 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 PFN2-205ENST00000461868 613 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 AC024230.1-201ENST00000511431 889 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 DRAM1-202ENST00000544152 1048 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 AC005759.1-201ENST00000594805 855 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 AC025181.2-201ENST00000606994 802 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 MIR6080-201ENST00000617359 66 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 GPER1-207ENST00000619052 571 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 CLCN7-201ENST00000262318 3717 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 SLC11A2-204ENST00000541174 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 CPEB3-201ENST00000265997 4851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 ST3GAL3-208ENST00000361392 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 SUCO-210ENST00000616058 5495 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 UCK1-203ENST00000372211 2114 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 TNFSF13-201ENST00000338784 1971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 MAEL-202ENST00000367872 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 CASQ1-201ENST00000368078 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 HARS-205ENST00000457527 1896 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 HM13-201ENST00000335574 1809 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 COCH-203ENST00000460581 2688 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 GPSM1-202ENST00000354753 3533 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 RBPMS2-202ENST00000560606 1746 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 KCNN2-201ENST00000264773 2512 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 CAMSAP3-202ENST00000446248 4179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 C19orf57-201ENST00000346736 2489 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 HNRNPDL-208ENST00000621267 4139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 NME7-201ENST00000367811 1642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 DNM1-203ENST00000393594 3245 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 DDX55-203ENST00000421670 1574 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 DMTN-209ENST00000517600 1569 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 GGT1-201ENST00000248923 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 MPI-203ENST00000535694 1523 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 XPO6-201ENST00000304658 4422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 HNF4A-202ENST00000316673 1470 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 SYT13-201ENST00000020926 5144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 GRM7-203ENST00000389336 2901 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 AHSA1-201ENST00000216479 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 AC007686.3-201ENST00000619017 3487 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 DNAJC22-201ENST00000395069 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 NOX3-201ENST00000159060 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 BRF1-211ENST00000547530 3358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 CCHCR1-201ENST00000376266 2625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 ATG4B-206ENST00000405546 3294 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 ANKLE1-201ENST00000394458 3218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 REXO1L4P-201ENST00000605109 1937 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 SHH-201ENST00000297261 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 TMEM52-201ENST00000310991 929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 AC124057.1-201ENST00000433035 404 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 AL121832.1-203ENST00000433121 475 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 KRT18P64-201ENST00000434946 1219 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 NDUFB2-202ENST00000460088 420 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 KRT18P43-201ENST00000469825 1281 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 FAM92A-214ENST00000522324 1072 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 MIR3687-2-201ENST00000577708 61 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 ARMC7-205ENST00000584947 445 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 COQ4-205ENST00000609948 956 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 MIR3687-1-201ENST00000614492 61 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 HOTAIRM1_1.1-201ENST00000622675 125 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 PCSK6-221ENST00000632686 1210 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 GOLGA8H-201ENST00000566740 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 GOLGA8J-201ENST00000567927 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 ITGB4-206ENST00000579662 5554 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 POU5F1-204ENST00000471529 1723 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 XRCC1-201ENST00000262887 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 AP4E1-201ENST00000261842 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 C16orf52-202ENST00000542527 4360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 PXN-221ENST00000637617 3246 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 TDRD6-201ENST00000316081 6817 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 RGS3-201ENST00000317613 2542 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 NAA60-229ENST00000575076 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 INSIG1-201ENST00000340368 3010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 PIK3IP1-201ENST00000215912 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
COL6A2P12110 CAMKV-217ENST00000620470 1485 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.6 ms