Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 PLA2G4C-AS1-201ENST00000596552 568 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC093813.1-201ENST00000605066 256 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 PCDHGC3-204ENST00000617222 731 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AL139099.5-201ENST00000635274 300 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC099795.1-202ENST00000640492 759 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AK4-202ENST00000395334 6998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 UNC13A-204ENST00000550896 5200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 HYMAI-201ENST00000635591 3347 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 PRPF38B-202ENST00000370022 1591 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 PARVB-204ENST00000406477 1569 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 DDX55-203ENST00000421670 1574 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC069224.1-201ENST00000566372 1715 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 NDUFA6-AS1-203ENST00000439129 2950 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 WDR81-206ENST00000446363 2968 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ACSM1-204ENST00000520010 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 NLGN4X-203ENST00000381093 5865 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 PDE6G-204ENST00000573076 1505 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 SPCS2-201ENST00000263672 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ASAH1-254ENST00000637636 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 PSEN2-203ENST00000422240 1947 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 DUSP13-210ENST00000491677 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ZSCAN18-208ENST00000595944 1768 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 TRIM13-201ENST00000356017 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AKR1B15-202ENST00000457545 1621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 CPA1-201ENST00000011292 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 STAC-201ENST00000273183 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 TRMT2A-202ENST00000403707 2928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 PDZD4-202ENST00000393758 3763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ANOS1-201ENST00000262648 6314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 BFSP2-201ENST00000302334 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 COL11A2-201ENST00000341947 6425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 PRLHR-201ENST00000239032 5446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 FDPS-202ENST00000368356 1431 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 PAK2-201ENST00000327134 6139 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 CCL25-201ENST00000253451 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AMN1-201ENST00000281471 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 KRTAP1-4-201ENST00000377747 408 ntAPPRIS P1 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 MTHFSD-202ENST00000381214 1210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 MIR648-201ENST00000385046 94 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC007952.1-202ENST00000399083 1173 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 MASP2-202ENST00000400898 726 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 BLVRA-202ENST00000402924 1161 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC136604.1-201ENST00000418535 575 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AL049698.1-202ENST00000441716 757 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 PARP8-218ENST00000513738 596 ntTSL 4 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 LCN10-206ENST00000527229 615 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ARL2-204ENST00000529384 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 GNG2-213ENST00000556766 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC012568.1-201ENST00000558463 472 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 LINC02109-201ENST00000565798 869 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ZNF347-208ENST00000601804 496 ntTSL 4 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC000095.1-201ENST00000603208 874 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 TPTE2P2-205ENST00000606711 505 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC106017.2-201ENST00000631194 1173 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 OSBPL10-201ENST00000396556 6600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 BNIP2-201ENST00000267859 6325 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 APAF1-203ENST00000359972 7029 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 PHLDB1-223ENST00000600882 5479 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 SCNN1A-221ENST00000543768 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 RASSF1-205ENST00000395126 1657 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 SYT1-201ENST00000261205 4808 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 SLC16A3-211ENST00000581287 4830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 CHDH-201ENST00000315251 7665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 CUL3-202ENST00000344951 6592 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 IL18BP-204ENST00000393703 1788 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 PSD4-201ENST00000245796 5188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 SIN3B-202ENST00000379803 5129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 FBN2-205ENST00000508989 4987 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 NTNG1-202ENST00000370065 1485 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 RMND1-205ENST00000622845 1484 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 SLCO5A1-203ENST00000524945 3725 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ZFP90-203ENST00000563169 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 TACR3-201ENST00000304883 5190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 MCHR2-202ENST00000369212 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ENO3-206ENST00000519584 1322 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 REXO1L1P-202ENST00000608646 1974 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 TPD52L2-203ENST00000348257 2237 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ACE-203ENST00000413513 2237 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AL158154.2-201ENST00000585776 2208 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ACSM2A-203ENST00000417235 1835 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 MAPK7-201ENST00000299612 2715 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 SIGLEC12-203ENST00000598614 1434 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ABHD2-207ENST00000565973 2347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 NAF1-201ENST00000274054 1907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 HS6ST2-201ENST00000370833 1938 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 STT3B-201ENST00000295770 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 PIPOX-201ENST00000323372 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 COX6A2-201ENST00000287490 440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 C9orf16-201ENST00000372994 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 TPO-206ENST00000382269 1155 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 NGDN-202ENST00000408901 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 RFPL4A-201ENST00000434937 1035 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC022137.2-201ENST00000503482 481 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AHRR-211ENST00000515206 462 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 UEVLD-212ENST00000541984 755 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC009093.8-202ENST00000562902 677 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51 ms