Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 AKR1A1-202ENST00000372070 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 OR2K2-202ENST00000374428 1038 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 AC135178.1-201ENST00000458568 537 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 DUSP13-206ENST00000472493 920 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 AP001547.1-201ENST00000527440 374 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 NDUFC2-204ENST00000528164 561 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 NDUFC2-KCTD14-202ENST00000530054 656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 FANCA-204ENST00000534992 1088 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 AC005779.2-201ENST00000593083 550 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 AC011491.1-203ENST00000637688 543 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 COPS7B-224ENST00000620578 2500 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 CALU-205ENST00000535011 3210 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 HHIP-202ENST00000434550 1770 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 DDX19A-202ENST00000417604 1703 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 ERGIC3-203ENST00000357394 1357 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 WDR20-211ENST00000556807 2382 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 LIPE-AS1-205ENST00000594688 2383 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 ZNF707-223ENST00000532205 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 PRODH2-201ENST00000301175 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 LDHAL6B-201ENST00000307144 1693 ntAPPRIS P1 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 TINF2-202ENST00000399423 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 AC136759.1-203ENST00000527477 2196 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 AC136759.1-202ENST00000530858 2194 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 ZNF48-205ENST00000613509 3339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 VRK3-207ENST00000594092 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 PDE9A-208ENST00000398225 1963 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 GLS2-201ENST00000311966 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 PLA1A-204ENST00000488919 1456 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 AL450469.2-201ENST00000427132 499 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 FAM58BP-201ENST00000439056 645 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 AC098935.1-201ENST00000446057 611 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 CTBP2P4-201ENST00000513884 920 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 AC138123.2-203ENST00000552451 653 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 PAM16-211ENST00000575848 518 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 PAM16-214ENST00000576217 493 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 CYP4B1-215ENST00000640628 969 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 BEGAIN-201ENST00000355173 2674 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 H1F0-201ENST00000340857 2344 ntAPPRIS P1 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 ZNF574-202ENST00000359044 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 NIT1-203ENST00000368009 1362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 AGER-201ENST00000375055 1369 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 AC010547.4-201ENST00000561754 1378 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 CKM-201ENST00000221476 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 RTN1-201ENST00000267484 3435 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 SLC6A9-203ENST00000372306 1926 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 CNTNAP3B-201ENST00000276974 3240 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 AC099398.1-201ENST00000567919 2776 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 SERPINE2-202ENST00000409304 2161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 NR4A1-213ENST00000550082 2029 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 FXYD5-201ENST00000342879 1580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 ADAMTSL1-204ENST00000380545 1562 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 CYP4F23P-201ENST00000593402 1579 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 AL138752.2-201ENST00000540557 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 KIAA1614-AS1-201ENST00000415647 1440 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 MAP2K3-201ENST00000316920 1246 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 MCM7-203ENST00000354230 2975 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 AC078875.1-201ENST00000431907 724 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 AL139412.1-202ENST00000452465 675 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 AC084346.1-201ENST00000520962 528 ntTSL 4 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 ZNF586-206ENST00000599802 581 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 SPIN3-224ENST00000639583 2245 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 MYCL-203ENST00000397332 3256 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 VAC14-202ENST00000536184 2161 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 TUBB4B-201ENST00000340384 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 ARL6IP1-201ENST00000304414 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 MIOS-202ENST00000405785 3095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 AC023090.2-201ENST00000625182 2110 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 ZNF786-201ENST00000316286 3144 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 STX1A-201ENST00000222812 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 STX1A-204ENST00000395156 2050 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 NKIRAS1-201ENST00000388759 2335 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 SGO1-203ENST00000412997 2587 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 FIS1-201ENST00000223136 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 ARMC12-203ENST00000373869 1111 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 GSG1L-201ENST00000380897 1173 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 LINC01006-202ENST00000418309 640 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 SIRT3-210ENST00000529382 1225 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 NEU3-205ENST00000531619 582 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 AC133919.1-201ENST00000562203 416 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 NRN1L-202ENST00000576147 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 TUBB4A-212ENST00000601152 590 ntTSL 4 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 CNOT7-213ENST00000628418 432 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 GLS2-216ENST00000610413 2296 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 SERTAD1-201ENST00000357949 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 SMTNL1-202ENST00000527972 1649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 TMC4-210ENST00000619895 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 C12orf56-207ENST00000543942 3242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 C21orf58-201ENST00000291691 2975 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 RFWD2-204ENST00000367669 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 BNIP1-201ENST00000231668 1339 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 C5orf38-207ENST00000515640 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 AC012507.2-203ENST00000415628 1765 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 ZC2HC1C-201ENST00000238686 2249 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 FOLH1-202ENST00000340334 2697 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 OR9I1-201ENST00000302610 945 ntAPPRIS P1 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SCN9AQ15858 TNNT2-206ENST00000367320 1007 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
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