Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 LINC02537-201ENST00000635943 1367 ntTSL 4 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 NFATC4-208ENST00000553708 5367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 SERHL-201ENST00000359906 1346 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 AURKC-203ENST00000448930 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 MAGEA4-206ENST00000393921 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 ZSCAN32-205ENST00000439568 1746 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 SOD2-202ENST00000367054 815 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 ADAMTSL1-210ENST00000431052 824 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 AL365295.1-203ENST00000435322 566 ntTSL 4 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 CHCHD2P9-201ENST00000461726 456 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 RPP40-203ENST00000464646 1042 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 NCK1-AS1-203ENST00000474250 827 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 LINC02417-201ENST00000542449 515 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 AC011603.1-201ENST00000553174 717 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 REC114-202ENST00000560581 833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 NRN1L-202ENST00000576147 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 AC009264.1-206ENST00000592183 534 ntTSL 4 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 AC004466.1-201ENST00000599515 1080 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 AC137936.2-202ENST00000638124 1146 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 CACNA1G-206ENST00000416767 4899 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 CROCCP1-201ENST00000426910 5675 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 PNMA6E-202ENST00000633844 2596 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 UNG-201ENST00000242576 2071 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 POLD3-208ENST00000532497 1700 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 HS1BP3-203ENST00000406618 1375 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 AC022188.1-201ENST00000620960 1664 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 EIF4H-201ENST00000265753 2679 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 TGIF1-201ENST00000330513 1980 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 MAGEB2-201ENST00000378988 1610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 BRIX1-201ENST00000336767 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 CRYBB3-201ENST00000215855 867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 TMSB10-201ENST00000233143 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 SFT2D2-202ENST00000367829 491 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 PUS10-202ENST00000398658 1227 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 AC092265.1-201ENST00000422638 498 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 HIGD1A-203ENST00000430190 741 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 HMGB3P14-201ENST00000494195 599 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 EHF-205ENST00000527935 557 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 AC005726.2-204ENST00000577790 511 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 HIST1H2BE-201ENST00000614097 497 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 AC105137.3-201ENST00000617588 984 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 HTR4-213ENST00000631296 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HLA-CQ95604 IGF2-205ENST00000416167 5585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 TSG101-204ENST00000536719 2101 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 APBB3-205ENST00000412920 1455 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 ZSWIM8-AS1-201ENST00000456638 1460 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 VWCE-205ENST00000535710 1437 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 SLC39A13-201ENST00000354884 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 MTX3-201ENST00000509852 1655 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 AC010547.4-201ENST00000561754 1378 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 AMT-239ENST00000636865 1914 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 KIF13B-206ENST00000524189 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 SCAF11-203ENST00000395453 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 SLC18B1-201ENST00000275227 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 NOL4L-211ENST00000621426 6577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 EDN3-202ENST00000337938 2636 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 SNX9-201ENST00000392185 4198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 SLC30A2-202ENST00000374278 3097 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 BAK1P1-201ENST00000317045 636 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 RPP25L-202ENST00000378959 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 RN7SKP175-201ENST00000408472 289 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 COPS7B-205ENST00000409295 1009 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 C2orf15-202ENST00000409684 1058 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 AC010141.1-201ENST00000411585 623 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 AL589843.1-201ENST00000423924 425 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 POLR2H-203ENST00000430783 1159 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 PSMD4P1-201ENST00000433951 1109 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 LYPLA2P1-203ENST00000447689 696 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 IMPA1-203ENST00000449740 1180 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 AL138731.1-201ENST00000452624 739 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 SNHG17-208ENST00000456953 546 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 AC012158.2-201ENST00000536546 354 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 AC005865.1-202ENST00000543036 641 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 KRT16P3-202ENST00000580113 1012 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 KRT16P1-203ENST00000581027 1012 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 ZNF790-AS1-203ENST00000588906 850 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 LINC01224-201ENST00000593573 798 ntTSL 4 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 LINC01783-202ENST00000614408 828 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 UPK1A-204ENST00000617999 1268 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 BX284668.2-205ENST00000619677 828 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 PRSS45-202ENST00000620911 1041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 AL606763.1-201ENST00000629535 462 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.2 ms