Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 BDP1-202ENST00000380675 2861 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 CPEB2-205ENST00000442003 6797 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 MLKL-201ENST00000306247 1781 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 POMT1-205ENST00000404875 2821 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 PPM1B-204ENST00000378551 3877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 UNC13B-201ENST00000378495 6303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 AC084364.1-201ENST00000551967 1556 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 PUF60-208ENST00000526683 2412 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 RERG-209ENST00000546331 1383 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 TRIP10-210ENST00000600428 2249 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 BID-213ENST00000615414 2236 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 CALN1-201ENST00000329008 9243 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 FARP1-214ENST00000595437 4926 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 MLKL-202ENST00000308807 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 GTF2IRD1-205ENST00000476977 5868 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 LMX1B-201ENST00000355497 5809 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 ELFN1-201ENST00000424383 3845 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 PHYH-203ENST00000396920 1829 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 CNN1-210ENST00000592923 1848 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 SNRPN-201ENST00000346403 1304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 ALOX15-205ENST00000574640 2422 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 UVSSA-206ENST00000507531 2597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 SPATA6-204ENST00000396199 4964 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD33-201ENST00000301190 1935 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 WDR6-222ENST00000615452 1949 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 NECAP2-201ENST00000337132 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 AC023157.3-201ENST00000619086 2088 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 FTH1-201ENST00000273550 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 SPDYE19P-201ENST00000338590 713 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 AL161638.1-201ENST00000420354 481 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 MEP1AP4-201ENST00000423244 1087 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 BCRP1-201ENST00000444246 691 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 METTL6-204ENST00000450816 1221 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 AL589987.1-201ENST00000453380 819 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 FTH1-202ENST00000526640 786 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 AC079296.1-201ENST00000531592 560 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 AL096870.1-201ENST00000555591 930 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 KCNC2-207ENST00000548513 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 CAPZB-204ENST00000375144 1568 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 EIF2S2-201ENST00000374980 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 SYNRG-222ENST00000614941 3406 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 SORCS2-201ENST00000329016 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 MCFD2-201ENST00000319466 4182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 NTRK3-202ENST00000355254 2938 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 NOS1AP-201ENST00000361897 4931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 ALDOA-225ENST00000569545 1359 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 CTSA-202ENST00000354880 1820 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 GOSR2-211ENST00000623037 1814 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 MIEF2-203ENST00000395704 2879 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 PHLDA1-201ENST00000266671 8069 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 NDFIP2-201ENST00000218652 4625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 TIRAP-203ENST00000392680 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 AMT-224ENST00000635808 1610 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 PLAGL1-206ENST00000416623 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 YY1AP1-210ENST00000368339 3073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 SLC6A13-201ENST00000343164 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 SPATA21-201ENST00000335496 2015 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 TUB-AS1-201ENST00000506601 2021 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 RECQL5-202ENST00000340830 1749 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 CNOT8-204ENST00000517876 2708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 RPL18A-201ENST00000222247 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 CIDEA-201ENST00000320477 828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 AL133481.1-201ENST00000438554 511 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01812-201ENST00000457448 725 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF7-218ENST00000544249 2125 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 PCDHGC3-204ENST00000617222 731 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 TMA16-201ENST00000358572 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 EIF1B-AS1-201ENST00000625390 1958 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 APAF1-203ENST00000359972 7029 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 GHDC-203ENST00000428494 2518 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 KLK3-202ENST00000360617 1664 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 AGFG1-202ENST00000373671 1669 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SYNE3Q6ZMZ3 ELMO3-201ENST00000360833 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 EXOC6B-202ENST00000410104 5795 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 ANKEF1-201ENST00000378380 5303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC073264.3-201ENST00000636941 2577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 ARL8B-208ENST00000611208 2981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 UBE3A-227ENST00000638011 8742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 PRR5-203ENST00000403581 2279 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 GOLIM4-201ENST00000309027 2100 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 MEF2D-201ENST00000348159 5965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 SYN1-202ENST00000340666 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 FAM153B-220ENST00000515817 1966 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 NFE2L1-214ENST00000582155 1998 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 COL11A2-202ENST00000361917 6104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 POM121-203ENST00000434423 3750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC097376.2-205ENST00000610159 5334 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 ACSM2B-207ENST00000565232 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 COX6B2-201ENST00000326529 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 KITLG-202ENST00000347404 1948 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 LINGO1-201ENST00000355300 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 CHAF1A-201ENST00000301280 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 COX6A1-201ENST00000229379 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms