Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 OTUD3-201ENST00000375120 6397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 IGHV3-16-201ENST00000390604 425 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 PEMT-203ENST00000395782 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 KLK4-202ENST00000431178 481 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 LYRM9-204ENST00000503642 432 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 AP002992.1-201ENST00000527519 491 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 LINC02299-201ENST00000556669 430 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 EMC4-209ENST00000559421 497 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 MIF4GD-206ENST00000579119 856 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 MIR3615-201ENST00000581999 87 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 AC091271.1-201ENST00000611877 1162 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 NACAD-202ENST00000490531 4780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 PPP4R3A-205ENST00000554684 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 PARD3B-204ENST00000406610 8174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 LCK-201ENST00000333070 2166 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 SLC29A1-209ENST00000427851 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 BID-201ENST00000317361 2495 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 CCNY-202ENST00000339497 4630 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 SERTAD4-201ENST00000367012 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 CALHM2-202ENST00000369788 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC012485.3-201ENST00000637634 2424 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 MLKL-201ENST00000306247 1781 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ZFAND6-207ENST00000558494 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 VARS2-212ENST00000542001 4064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 SCYL1-206ENST00000525364 2584 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 SLC25A2-201ENST00000239451 1417 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 RUSC1-203ENST00000368349 1968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 LRRFIP2-205ENST00000421276 2522 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ANXA11-203ENST00000422982 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AKT1-214ENST00000555528 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 HS6ST3-201ENST00000376705 7804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 CRYZL1-202ENST00000361534 2224 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC141586.1-201ENST00000399702 2748 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 KTN1-AS1-202ENST00000412224 2185 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 EIF2B4-205ENST00000445933 1608 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 MFSD1-203ENST00000415822 2423 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 SAE1-202ENST00000392776 1851 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 TCTN1-202ENST00000397655 1879 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 REPIN1-202ENST00000425389 2876 ntAPPRIS P3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ACKR1-201ENST00000368121 1240 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 BRF1-202ENST00000379932 884 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 GPAA1P2-201ENST00000417923 928 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC018685.1-201ENST00000457813 368 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 RPL13AP20-201ENST00000459725 609 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 TPI1-206ENST00000488464 791 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AL160313.1-201ENST00000502101 1039 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 RPL8-205ENST00000527914 551 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 TMEM258-204ENST00000537328 575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 PAFAH1B3-202ENST00000538771 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC023310.1-201ENST00000554836 735 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AL583722.2-201ENST00000557223 663 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 DUX4L45-201ENST00000566406 1057 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AIPL1-204ENST00000570466 1196 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 TMEM101-204ENST00000587529 965 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 IFI27-206ENST00000612813 725 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 LARP4-220ENST00000615080 856 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC015819.2-201ENST00000618730 555 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC005252.2-201ENST00000624630 1141 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 LINC01002-214ENST00000632102 561 ntTSL 4 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC008687.7-202ENST00000637404 953 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ACP5-202ENST00000412435 1527 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 USE1-206ENST00000595101 1776 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ATG13-216ENST00000530500 2030 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 FAM104A-201ENST00000403627 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 MAPKAP1-206ENST00000373511 3252 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 INHBB-201ENST00000295228 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 DCAF11-217ENST00000559115 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 PSMD13-212ENST00000532097 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 RAB38-201ENST00000243662 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AP001282.1-201ENST00000531301 1499 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AL163636.2-201ENST00000553909 1498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 LINC00593-202ENST00000560853 1483 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 MAP4K1-208ENST00000589130 2654 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 GPR89B-201ENST00000314163 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 SP2-201ENST00000376741 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ASIC1-201ENST00000228468 4072 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 CCT7-216ENST00000540468 1674 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 PGPEP1-201ENST00000252813 1409 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 CCDC155-201ENST00000447857 2378 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 LINC02447-202ENST00000501888 2146 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ARL8B-201ENST00000256496 3005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 DMAC2-210ENST00000592922 1622 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 PITPNA-201ENST00000313486 3912 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 NBEA-201ENST00000310336 10794 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 CELF4-221ENST00000601019 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC112504.1-201ENST00000623415 1841 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 TYSND1-201ENST00000287078 3644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ATP6V1C2-201ENST00000272238 1565 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 HPS1-202ENST00000338546 1580 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 PARVB-203ENST00000404989 1591 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ZFYVE28-210ENST00000515169 1590 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC005253.1-201ENST00000597411 2001 ntTSL 4 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AL121845.3-201ENST00000490623 3119 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 DRG2-201ENST00000225729 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 LOH12CR2-201ENST00000381800 1540 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 SIX6-201ENST00000327720 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.3 ms