Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 NTRK3-203ENST00000357724 2980 ntTSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 RABL2B-204ENST00000395593 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 SALL3-205ENST00000575389 3996 ntTSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 LINC01185-202ENST00000452343 1705 ntTSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC005906.2-217ENST00000639573 1711 ntTSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 GATAD2A-202ENST00000360315 5671 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 MRPL55-202ENST00000336300 722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 MRPL55-206ENST00000366732 722 ntTSL 3 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 OR5C1-201ENST00000373680 963 ntAPPRIS P1 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 MIR1908-201ENST00000410394 80 ntBASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ZNF7-206ENST00000528130 1134 ntTSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC129507.1-201ENST00000570711 1013 ntTSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 PIGL-212ENST00000581006 554 ntTSL 4 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 YPEL2-205ENST00000585166 881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ENDOV-213ENST00000520367 2680 ntTSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 WDR13-202ENST00000376729 5469 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 SLC6A2-204ENST00000561820 2268 ntTSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC007728.2-201ENST00000563315 2296 ntTSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 MROH6-201ENST00000398882 3469 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 CYB5R2-204ENST00000524790 1338 ntTSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TMPRSS4-201ENST00000437212 2074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC073264.3-201ENST00000636941 2577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 FAM219A-206ENST00000379087 3573 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AHCY-201ENST00000217426 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 EOMES-201ENST00000295743 3386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 LMNA-201ENST00000347559 3137 ntTSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ZNF786-202ENST00000491431 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TMED7-TICAM2-202ENST00000333314 3453 ntTSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 RNF167-214ENST00000576229 1436 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 LINC00937-207ENST00000544461 3033 ntTSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TJP2-202ENST00000377245 4611 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 APLP1-202ENST00000537454 2266 ntTSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 SPEG-205ENST00000396698 3379 ntTSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 SLC2A4-204ENST00000571308 1768 ntTSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 HMGA2-210ENST00000541363 8094 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ATP6V1B2-201ENST00000276390 2875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 SYT3-201ENST00000338916 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 KIF5C-201ENST00000435030 6931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 PPDPF-201ENST00000370177 627 ntTSL 2 BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AL161785.3-201ENST00000435157 395 ntTSL 3 BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AL162726.2-201ENST00000438986 1017 ntBASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 C9orf41-AS1-201ENST00000455609 719 ntTSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 HYAL1-208ENST00000457214 1084 ntTSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC084864.1-201ENST00000496217 305 ntTSL 3 BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 PAM16-204ENST00000571941 674 ntTSL 3 BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 RPSAP52-203ENST00000622976 1023 ntBASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 SFTA2-203ENST00000634371 815 ntTSL 5 BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AL139099.5-201ENST00000635274 300 ntBASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 POLG2-201ENST00000539111 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 STAT5A-211ENST00000590949 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 RNF11-201ENST00000242719 3084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 MMP15-201ENST00000219271 4250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 MAGI1-202ENST00000402939 4389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 BCAR3-201ENST00000260502 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 GOLGA2P7-202ENST00000400817 2850 ntTSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 FADS2-201ENST00000257261 2964 ntTSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 PALLD-215ENST00000512127 2958 ntTSL 2 BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 RAB29-201ENST00000235932 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 RNF32-204ENST00000392743 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 CENPT-235ENST00000626059 1737 ntTSL 5 BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 PHTF1-202ENST00000369598 3000 ntTSL 5 BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 CLSTN1-201ENST00000361311 4647 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 NFIC-202ENST00000395111 1755 ntTSL 2 BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 RAPSN-202ENST00000352508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 H2BFM-201ENST00000355016 1882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AL928970.1-201ENST00000422679 2923 ntTSL 5 BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 NAF1-201ENST00000274054 1907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 NCKIPSD-201ENST00000294129 2989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 APBA2-205ENST00000558330 3349 ntTSL 2 BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 CAMK2D-201ENST00000296402 5820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 CBLN4-201ENST00000064571 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 C14orf93-207ENST00000397382 1986 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ILF3-AS1-201ENST00000591501 1983 ntBASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 RASD2-201ENST00000216127 3412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 PRSS55-201ENST00000328655 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 PIR-201ENST00000380420 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TPSD1-202ENST00000397534 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 RAB34-206ENST00000415040 1293 ntTSL 2 BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ACTBP11-201ENST00000436287 1126 ntBASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 PRSS42-202ENST00000447340 1280 ntTSL 2 BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC108725.1-201ENST00000495472 409 ntBASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 OSGIN2-203ENST00000520659 801 ntTSL 2 BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 RAB30-AS1-207ENST00000533708 825 ntTSL 2 BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 PXN-AS1-204ENST00000542265 854 ntTSL 2 BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TAPBPL-205ENST00000544021 772 ntTSL 3 BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 LINC02109-201ENST00000565798 869 ntTSL 5 BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AL049840.4-201ENST00000602422 811 ntBASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 MIR6869-201ENST00000619434 62 ntBASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ADAMTS13-206ENST00000371929 4934 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 HLA-DQB2-231ENST00000435145 2026 ntBASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TUBB1P2-201ENST00000422712 1306 ntBASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TUBB1P1-201ENST00000503144 1300 ntBASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 IMPDH1-202ENST00000348127 2479 ntTSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ZNF114-204ENST00000595607 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 NIPAL3-204ENST00000374399 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TRMT2B-201ENST00000372935 2921 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 GOLM1-203ENST00000388712 3046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 SYBU-206ENST00000424158 3007 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
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