Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.8 ms