Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMD1Q9UGP4 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMD1Q9UGP4 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.7 ms