Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC18■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC140Q96MF4 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.9 ms