Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.31
VPS39Q96JC1 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS39Q96JC1 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS39Q96JC1 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39 ms