Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

Predictions only

Length 438 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CLN3Q13286 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CLN3Q13286 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.6 ms